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标题: 多个分子复合物如何用高斯做结构优化并计算能量 [打印本页]

作者
Author: weiyongswust 时间: 2024-3-14 19:39
标题: 多个分子复合物如何用高斯做结构优化并计算能量
现有A、B两个分子，可以计算出来AB复合物的静电势分布以及A与B之间的结合能，现在我想看一下，在AB复合物引入另一个分子C，看对AB复合物的静电势分布的影响，尤其是想看一下C的引入对A与B之间结合能是否有比较大的影响，请问如何做结构优化。我现在是这样做的，烦请帮忙分析是否正确：

1、将A与B分别进行结构优化，并对AB复合物做结构优化，此时得到AB复合物的静电势分布，并计算出没有C参与时A与B之间的结合能△E1=E(AB)-E(A)-E(B)+BSSE；

2、将C做结构优化，然后将优化后的AB复合物与C怼到一起做结构优化，可以得到ABC复合物的静电势分布以及ABC复合物的单点能E(ABC)，初步分析C的引入对B分子的静电势分布的影响；

3、将B和C怼到一起做结构优化，计算BC复合物的单点能E(BC)；

4、计算有C参与时A与B之间的结合能△E2=E(ABC)-E(A)-E(BC)+BSSE;

5、比较△E1与△E2的大小。

这样分析出来是正确的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-14 21:05
优化单分子没意义，本身形成复合物时分子间相互作用还会进一步影响分子结构

“AB复合物与C怼到一起做结构优化”里的怼指代不明。注意必要的时候需要做三聚体构型搜索，从而得到最稳定的ABC复合物，参考
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

“C的引入对B分子的静电势分布的影响”这种问题未必好考察，得有体系具体结构才能判断。诸如C把B的分子表面很大程度挡住了，那就没法研究这块区域的静电势。

E(ABC)-E(A)-E(BC)得到的是A与BC之间的结合能，而非C参与时A与B之间的结合能，除非A和C之间的相互作用可以忽略。

你问的许多问题没有体系实际具体结构没法准确回答

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