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标题: gmx energy计算黏度时不显示1/viscosity这一项是怎么回事？ [打印本页]

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Author: zhangfaxue 时间: 2024-3-15 10:38
标题: gmx energy计算黏度时不显示1/viscosity这一项是怎么回事？
本帖最后由 zhangfaxue 于 2024-3-17 13:02 编辑

初始建模模型如下，界面垂直x方向，一共三层（3+6+3），ABA
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能量最小化过后查看也是正常，NPT过后vmd打开显示如下，界面垂直z方向
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请问是什么原因？应该怎么处理？是因为两边的层太薄了吗，还是只是显示原因？

上述问题已解决，因为之前想通过gmx energy算体系黏度，但是我用gmx energy 没有显示1/viscosity这一项，然后看到帖子有人分享经验缺少一个参数，就在NPT.mdp文件最后一行添加了cos-acceleration=0.05，结果就出现了以上的问题，去掉这一行就没有问题了。
模拟液体粘度时，用gmx energy命令怎么没有1/viscosity那一项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0&fromuid=55969
(出处: 计算化学公社)

但是那我应该怎么解决用gmx energy 没有显示1/viscosity这一项，没法计算黏度这个问题呢

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