计算化学公社

标题: 请教如何在VMD表示我的体系中CO2和H2O以及N2 [打印本页]

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2024-3-15 11:31
标题: 请教如何在VMD表示我的体系中CO2和H2O以及N2
请教下老师们如何表示体系中的CO2和H2O以及N2，尝试一段时间选择语法后没有成功，我的盒子信息pbc set {9.83 21.07 17.97} -all。另外备注我是想修改卢天老师CP2K培训班给的分析片段随着时间变化的脚本，不知只修改里面的表示片段部分能否修改成功，谢谢各位老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-15 17:25
没法简单表示
如果反应过程中成键方式不断变化，必须对每帧重新判断链接关系，然后根据分子特征选择。比如CO2，就用numbonds和element属性把同时成两个键的碳作为CO2的碳，fragment号与这个碳相同的氧作为CO2上的氧。

作者
Author: lyj714 时间: 2024-3-15 17:30
反应产物变化这得自己写程序分析才可以了，如果你只有这种轨迹的话。

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2024-3-15 19:15

sobereva 发表于 2024-3-15 17:25
没法简单表示
如果反应过程中成键方式不断变化，必须对每帧重新判断链接关系，然后根据分子特征选择。比如 ...

谢谢卢老师的建议，我再试一试。请问老师有推荐的程序直接分析动力学轨迹的产物变化吗？之前听做实验师兄说MS里面有可以分析轨迹的模块，我还没有去尝试。

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2024-3-15 19:16

lyj714 发表于 2024-3-15 17:30
反应产物变化这得自己写程序分析才可以了，如果你只有这种轨迹的话。

谢谢老师建议，这个是我跑的动力学轨迹的一部分帧，整体是从实验晶体分解到这一步。因而想模仿别的文章看看产物变化规律。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-15 20:07

Gzh_NJ 发表于 2024-3-15 19:15
谢谢卢老师的建议，我再试一试。请问老师有推荐的程序直接分析动力学轨迹的产物变化吗？之前听做实验师兄 ...

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt（应该是你那届CP2K培训之后新增的）：

(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2024-3-15 20:22

sobereva 发表于 2024-3-15 20:07
参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt（应 ...

谢谢卢老师！我是第一届买的资料，一直断断续续学习，感谢老师帮助，我研究一下。

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