计算化学公社

标题: Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线 [打印本页]

作者
Author: fcy110918 时间: 2016-11-4 01:26
标题: Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线
各位计算大神:

小虫本来学生物的，由于实验需要，接触Guassian和DFT不久，很多地方一片迷茫啊。目前想考虑利用Guassian计算分子间的π-π堆积结构的势能曲线，比如说两个蒽分子堆积在一起时势能与距离的曲线，所想要的结果如附件所示，

本人的分子有点复杂，见附件，已经opt，也获得了freq，但是不会设置scan中的坐标（不知道是不是这个功能可以得到像下面一样的数据），也不会如何控制三个氟代蒽分子与中心三叉分子间的距离，最想得到的结果就是和下面的附件图一样（暂时只会用Gaussian）

诚心希望得到大神们的指点

作者
Author: jackie 时间: 2016-11-4 08:30
本帖最后由 jackie 于 2016-11-4 08:32 编辑

一般pi-pi堆积的体系分为三类，水平位移垂直位移和角度旋转。

想要做scan扫描需要写成内坐标的形式, 其他参数设为定量, 只有你扫描的距离或者角度设为变量, 在文件最底部写上初始值, scan步长和每一步变化值。两个分子之间的相对移动就是靠你写好的内坐标就可以实现。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-4 15:31
直接用scan没戏。
你得按此文的做法令体系旋转，使得三叉分子的一个共轭平面摆成平行于XY笛卡尔平面
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178

然后自己写个脚本，让被扫描的氟代蒽的每个原子的Z坐标每增加一点产生一次高斯输入文件，然后批量计算，批量提取数据再作图。

或者，如果你假定氟代蒽的原子都是处在同一个平面的话，按照如上方式旋转后，把氟代蒽的所有原子的Z坐标都用同一个变量来表示，然后扫描这个笛卡尔坐标（参考我讲义上做N2二聚体扫描的例子），这就省得写脚本了。

作者
Author: fcy110918 时间: 2016-11-5 18:59

sobereva 发表于 2016-11-4 15:31
直接用scan没戏。
你得按此文的做法令体系旋转，使得三叉分子的一个共轭平面摆成平行于XY笛卡尔平面
调节 ...

非常感谢sobereva老师的指点，方法很清晰，不过需要下点功夫来好好试试，谢谢啦！！！

作者
Author: fcy110918 时间: 2016-11-5 19:00

jackie 发表于 2016-11-4 08:30
一般pi-pi堆积的体系分为三类，水平位移垂直位移和角度旋转。

想要做scan扫描需要写成内坐标的形式, ...

谢谢您的指点！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)