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标题: 关于蛋白质穿膜的模拟，有几个小问题 [打印本页]

作者
Author: bdx 时间: 2024-3-15 18:52
标题: 关于蛋白质穿膜的模拟，有几个小问题
我想要模拟一下肉毒素穿膜的过程（建模用的charmm-gui，粗粒化力场用的martini3.0.0），打算使用伞型采样
pull完之后看了一下轨迹，有如下问题：
1. 水盒子整个被拉伸了，这个现象是由什么导致的
2. 穿膜过程整个膜被破坏了，正常吗

3. 我感觉这么简单粗暴的拉蛋白质的质心穿膜好像不太合理（蛋白质都形变了），是不是应该先把蛋白质放在膜的表面跑一段时间平衡md看他和膜的相互作用，然后再拉？

pull的mdp文件和视频在附件里

作者
Author: bdx 时间: 2024-3-15 23:07
没事了我想明白了。。。

作者
Author: lonemen 时间: 2024-3-16 15:50
怎么解决的？贴出来嘛

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-3-16 19:48
做小分子的渗透过程都不容易，蛋白质跨膜要做自由能计算是不可能的

作者
Author: bdx 时间: 2024-3-21 16:38

lonemen 发表于 2024-3-16 15:50
怎么解决的？贴出来嘛

抱歉前几天没法发帖
水盒子变形是因为用的npt系综
膜被破坏是对的，但是这种建模方式是错的，因为肉毒素进入细胞的机制比较复杂，不能就这么类比小分子跨膜一样做模拟

作者
Author: bdx 时间: 2024-3-21 16:39

fhh2626 发表于 2024-3-16 19:48
做小分子的渗透过程都不容易，蛋白质跨膜要做自由能计算是不可能的

是的，当时急着跑个md轨迹出来做演示，应该先调研一下肉毒毒素具体的跨膜机制

作者
Author: lonemen 时间: 2024-3-23 09:51

bdx 发表于 2024-3-21 16:38
抱歉前几天没法发帖
水盒子变形是因为用的npt系综
膜被破坏是对的，但是这种建模方式是错的，因为肉毒 ...

嗯嗯，多谢解释

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