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标题: 求助：鞣花酸模拟后分子一直聚集在一起 [打印本页]

作者
Author: ngaoo 时间: 2024-3-15 19:58
标题: 求助：鞣花酸模拟后分子一直聚集在一起
本帖最后由 ngaoo 于 2024-3-16 08:17 编辑

老师，我的体系是有机分子（鞣花酸，所有的涉及到的分子已经做过构象搜索）分别在水，乙醇，低共熔剂体系中溶解。
已经做了能量最小化，npt，md（100ns的npt）
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观看结构后发现分子不论在哪个体系都一直聚集在一起，实验得到的是低共熔剂体系鞣花酸分散的最好，可是模拟得到的结果却一直聚集在一起，和水、乙醇体系一样的分散情况
请老师指点指点？是否mdp文件的原因
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-15 20:02
这种事通常都是力场/拓扑文件原因，光上传mdp没用

没事甭自己改fourierspacing

作者
Author: ngaoo 时间: 2024-3-15 20:24
本帖最后由 ngaoo 于 2024-3-15 20:27 编辑

sobereva 发表于 2024-3-15 20:02
这种事通常都是力场/拓扑文件原因，光上传mdp没用

没事甭自己改fourierspacing

力场/拓扑文件我都是使用sobtop基于gaff力场生成的，运行时gromacs也没有报错，请老师再指点指点
老师那个mdp我给上传混肴了，运行的mdp文件里面fourierspacing就是默认的0.12，其他都没有变化

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-15 20:46

ngaoo 发表于 2024-3-15 20:24
力场/拓扑文件我都是使用sobtop基于gaff力场生成的，运行时gromacs也没有报错，请老师再指点指点
老师那 ...

拓扑文件都不上传，别人没法判断，是否存在硬伤（诸如没定义原子电荷）都不知道

作者
Author: ngaoo 时间: 2024-3-21 14:14

sobereva 发表于 2024-3-15 20:46
拓扑文件都不上传，别人没法判断，是否存在硬伤（诸如没定义原子电荷）都不知道

老师，top文件上传了得啊

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