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标题: 求助gmx distence命令导致核崩溃 [打印本页]

作者
Author: 高小白123 时间: 2024-3-15 20:11
标题: 求助gmx distence命令导致核崩溃
各位老师好，小白刚开始尝试做动力学模拟的结果分析，在使用gmx distance -s em.tpr -f md_0_10_center.xtc -tu ps -select 'resid 8060 and name SD plus resid 8007 and name N6' -oall distance.xvg命令进行分析的时候系统崩溃了，反馈是这样的
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

小白不知道发生了什么又在超算上提交了任务，结果又崩溃了，工作日志是这样的，还生成了一个core文件
[attach]86309[/attach]
我猜测可能跟运行参数有关，但是我没有输入mdp文件，只输入了之前跑的结果，不知道后续应该怎么修改呢，请各位老师指点，感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-15 20:43
没必要非得用gmx distance，直接用VMD就能得到两个原子间距离变化。论坛首页google框搜索，我回答过N遍
当前问题可能是gromacs装的有问题，或者bug，或者选择语句有问题等等。非要弄明白就自己先按下文在虚拟机里编一个gromacs再试，并且确保涉及的文件没问题、选择语句合理
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

作者
Author: 高小白123 时间: 2024-3-15 21:19

sobereva 发表于 2024-3-15 20:43
没必要非得用gmx distance，直接用VMD就能得到两个原子间距离变化。论坛首页google框搜索，我回答过N遍
当 ...

好的，谢谢老师

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