计算化学公社

标题: 多肽序列批量生成合理的3D构象问题 [打印本页]

作者
Author: Vivar 时间: 2024-3-15 21:30
标题: 多肽序列批量生成合理的3D构象问题
各位老师好！现在我想要构建一个多肽的3D结构的数据库，用来进行虚拟筛选，已经看到了sobereva老师的关于《几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具》的帖子，但是不知道这些工具是否能够满足需求做筛选的需求呢？之前尝试过用alpha fold2来构建3D结构，但是有些多肽的分数不高，并且用AF2的成本也比较高，有没有更优解呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-16 06:50
我博文里说的那些工具只是用来建立最基础的三维结构，是二级结构你已知的情况。那些程序不会自动判断或估计实际多肽是什么二级结构，不适合这种目的

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2024-3-16 12:10
本帖最后由对抗路达摩于 2024-3-16 12:13 编辑

应该要求助于分子力学，但选用什么的哈密顿量是有tricky的地方的。
可以考虑一些隐式溶剂/联合原子下的质量不错的模型，来获得一个质量与速度的balance。用全原子模拟建库不太现实。

更新：如果你觉得alphaFold成本都高的话，那应该没有能保证一定质量的前提下，适合你的建库方法。

作者
Author: Vivar 时间: 2024-3-21 20:12

对抗路达摩发表于 2024-3-16 12:10
应该要求助于分子力学，但选用什么的哈密顿量是有tricky的地方的。
可以考虑一些隐式溶剂/联合原子下的质 ...

谢谢帮助，请问对使用的模型有推荐吗？并且，您的意思就是用alphafold2进行建模就是最低的底线了吗？

作者
Author: Vivar 时间: 2024-3-21 20:15

sobereva 发表于 2024-3-16 06:50
我博文里说的那些工具只是用来建立最基础的三维结构，是二级结构你已知的情况。那些程序不会自动判断或估计 ...

谢谢sob老师的回复，请问有适合的工具或者方法使用吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-3-21 20:43

Vivar 发表于 2024-3-21 20:12
谢谢帮助，请问对使用的模型有推荐吗？并且，您的意思就是用alphafold2进行建模就是最低的底线了吗？

用alphaFold已经是性价比最高的方法了，同源模建的精度现在元比不了alphaFold2。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)