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标题: 求助gmx rdf中时间设置的问题 [打印本页]

作者
Author: yiranfengbai 时间: 2024-3-16 02:05
标题: 求助gmx rdf中时间设置的问题
老师您好，我用GROMACS分析VASP的结果，用VMD导出了md.trr文件后，又用gmx trjconv保存成md.xtc。体系总共156个原子，步长1fs，总时长12ps。希望分别得到整个12ps以及0-2ps内的RDF和CN。测试了2种不同的设置，对结果有些疑问，希望能得到老师的解答。
1，gmx rdf -f md.xtc -o rdf.xvg -cn cn.xvg -n index.ndx -bin 0.01 计算整个12ps的RDF和CN
2，gmx rdf -f md.xtc -o rdf.xvg -cn cn.xvg -n index.ndx -bin 0.01 -b 0 -e 2 计算0-2ps内的RDF和CN

Q1:为什么测试1中12000 frames, last time 1199.9,而测试2中只有21 frames, last time 2.100? 另外Reading frame 1100 time 1100.00是什么意思呢？
Q2：-f md.xtc 和 -f md.gro、-f md.trr、-f md.xtc -s md.tpr应该没有什么区别吧？
Q3：index.ndx中分组l3 [O] ,4 [Ag]，能不能直接写 gmx rdf -f md.xtc -o rdf.xvg -cn cn.xvg -n index.ndx -rel 3 sel 4 呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-16 06:53
还不如直接用VMD自带的extensions - analysis - radial pair distribution function插件做rdf分析，有图形界面。gmx rdf对于不熟悉gmx的用户更抽象，也没额外好处

作者
Author: yiranfengbai 时间: 2024-3-16 08:41

sobereva 发表于 2024-3-16 06:53
还不如直接用VMD自带的extensions - analysis - radial pair distribution function插件做rdf分析，有图形 ...

老师，我的体系是非正交体系。之前也试过用vmd

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