计算化学公社

标题: 离线安装CP2K2024.1 [打印本页]

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-3-19 12:50
标题: 离线安装CP2K2024.1
本帖最后由 goldNAN 于 2024-3-19 12:53 编辑

听说CP2K支持多K点模式下计算杂化泛函，下载一个安装。
与冰释之川的安装方法类似http://bbs.keinsci.com/thread-33603-1-1.html，但我已经把GCC、Zlib的也打包进去了，做到了精简安装。已经测试在Centos、Ubuntu上安装成功。

本笔记涉及到的软件包(cp2k-2024.1)下载地址：
链接: https://pan.baidu.com/s/13ZmEKfRJH_jbPMB8OPGsZA?pwd=cef5 提取码: cef5

备用链接：https://share.weiyun.com/8qeST0kD 密码：4i97dh

编译安装CP2K-2024.1
(1)利用如下命令进行解压cp2k-2024.1.tgz

tar -zxvf cp2k-2024.1.tgz

(2)进入解压后的目录tools/toolchain/

cd cp2k-2024.1/tools/toolchain

(3)编译部署工具链：

./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install --with-gcc=install

看到如下编译信息后代表工具链已经安装完毕：

========================== usage =========================
Done!
Now copy:
cp X/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/arch/* to the cp2k/arch/ directory
To use the installed tools and libraries and cp2k version
compiled with it you will first need to execute at the prompt:
source X/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/setup
To build CP2K you should change directory:
cd cp2k/
make -j 32 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg"
arch files for GPU enabled CUDA versions are named "local_cuda.*"
arch files for GPU enabled HIP versions are named "local_hip.*"
arch files for OpenCL (GPU) versions are named "local_opencl.*"
arch files for coverage versions are named "local_coverage.*"
Note that these pre-built arch files are for the GNU compiler, users have to adapt them for other compilers.
It is possible to use the provided CP2K arch files as guidance.

(4)编译CP2K本体：

cp ./install/arch/* ../../arch/
source ./install/setup && cd ../..
make -j 32 ARCH=local VERSION="ssmp psmp"

(5)把以下内容加入到~/.bashrc文件里：目录换成你的目录

source /yourpath/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/setup
export PATH=$PATH:/yourpath/cp2k-2024.1/exe/local

至此，CP2K安装完毕，可以使用 mpirun -np 32 cp2k.popt X.inp运行CP2K。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-3-19 22:27
你有没有试过跑一跑自带的测试？

make -j 32 ARCH=local VERSION="psmp" test

复制代码

我上个月编译完成，编译过程中没有任何报错，很顺利。但是跑测试的时候有 52 个 Time OUT, 2 个 Error

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-3-20 08:58
没测试过

作者
Author: dawning 时间: 2024-3-21 22:59
楼主的文件确实好用，很方便。在VM虚拟机上rocky9.3系统安装成功。cp2k.popt版工作正常。

作者
Author: huangxc82 时间: 2024-3-23 21:37
CP2K2024.1在安装libgrpp可能会出现error，添加上--with-libgrpp=no 可以解决问题
以下是出现问题：
libgrpp-main-20231215.zip is found
./scripts/stage3/install_libgrpp.sh: line 43: unzip: command not found
ERROR: (./scripts/stage3/install_libgrpp.sh, line 43) Non-zero exit code detected.

作者
Author: 乐平 时间: 2024-3-23 21:41

huangxc82 发表于 2024-3-23 21:37
CP2K2024.1在安装libgrpp可能会出现error，添加上--with-libgrpp=no 可以解决问题
以下是出现问题：
libg ...

到 https://www.cp2k.org/static/downloads/ 网页里下载 libgrpp-main-20231215.zip，放到 build 目录里就行了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-23 21:57

huangxc82 发表于 2024-3-23 21:37
CP2K2024.1在安装libgrpp可能会出现error，添加上--with-libgrpp=no 可以解决问题
以下是出现问题：
libg ...

装个unzip就完了

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-3-23 22:48

huangxc82 发表于 2024-3-23 21:37
CP2K2024.1在安装libgrpp可能会出现error，添加上--with-libgrpp=no 可以解决问题
以下是出现问题：
libg ...

你这个机器比较神奇如果是自己的电脑可以装个unzip 如果没权限，需要改./scripts/stage3/install_libgrpp.sh, line 43 把有unzip的命令注释掉，自己提前把解压后的包传到build文件夹里

作者
Author: Anmmun 时间: 2024-3-25 08:45
"mca_base_component_repository_open: unable to open mca_mtl_ofi: libefa.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory (ignored)"
各位老师好，在学校的超算上，slurm.out出现了这个报错，是怎么回事呢？

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-3-25 09:42
本帖最后由 goldNAN 于 2024-3-25 09:45 编辑

Anmmun 发表于 2024-3-25 08:45
"mca_base_component_repository_open: unable to open mca_mtl_ofi: libefa.so.1: cannot open shared obj ...

估计跟openmpi有关系，可能编译openmpi时加上--disable-dlopen 就可以了https://github.com/open-mpi/ompi/issues/10049

作者
Author: abin 时间: 2024-3-25 10:45
大部分超算平台，会采用专用网络硬件……
如果未做适配，
你的计算会很慢的……

更有甚者，调试不当，单节点计算也会很慢。

如果平台免费用，而且你又不着急，
那就随便折腾吧……

遇到收费的场景，调试不当，
慢起来，可不是一天慢一两个小时，
而是慢好几倍的概念……

作者
Author: Anmmun 时间: 2024-3-25 13:54

goldNAN 发表于 2024-3-25 09:42
估计跟openmpi有关系，可能编译openmpi时加上--disable-dlopen 就可以了https://github.com/open-mpi/omp ...

没有安装openmpi，我是如下操作：
module load openmpi 4.1.1
module load gcc 12.0.1
然后执行toolchain脚本 "./install_cp2 ... --with-openmpi=system ...."来安装的，完成后显示让cp ... /toolchain/install/arch到... cp2k-2024.1/arch

作者
Author: Anmmun 时间: 2024-3-25 13:56

abin 发表于 2024-3-25 10:45
大部分超算平台，会采用专用网络硬件……
如果未做适配，
你的计算会很慢的……

收费平台，没做过具体测试，单步SCF在虚拟机4核需要20s，在超算上25核单步需要7s

作者
Author: huangxc82 时间: 2024-3-25 17:22

sobereva 发表于 2024-3-23 21:57
装个unzip就完了

装unzip解决，感谢！

作者
Author: huangxc82 时间: 2024-3-25 17:23

goldNAN 发表于 2024-3-23 22:48
你这个机器比较神奇如果是自己的电脑可以装个unzip 如果没权限，需要改./scripts/stage3/install_libg ...

装unzip解决，感谢！

作者
Author: abin 时间: 2024-3-25 20:31

Anmmun 发表于 2024-3-25 13:56
收费平台，没做过具体测试，单步SCF在虚拟机4核需要20s，在超算上25核单步需要7s

不好评判速度快慢差异…
如果不是笔误的话，
那么使用25个核心做计算，
也真是很诡异的……

作者
Author: Anmmun 时间: 2024-3-26 10:48

abin 发表于 2024-3-25 20:31
不好评判速度快慢差异…
如果不是笔误的话，
那么使用25个核心做计算，

不是笔误，如果不用平方数，cp2k会出现一个warning，虽然这个warning不影响结果，但我还是改成了平方数核心

作者
Author: abin 时间: 2024-3-26 11:17

Anmmun 发表于 2024-3-26 10:48
不是笔误，如果不用平方数，cp2k会出现一个warning，虽然这个warning不影响结果，但我还是改成了平方数核 ...

多核心，一般建议采用2^n

作者
Author: Anmmun 时间: 2024-3-26 12:59

abin 发表于 2024-3-26 11:17
多核心，一般建议采用2^n

谢谢，我采用module load gcc, module load openmpi, 然后./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=system --with-plumed=install, 为什么运行长时间任务的时候会直接停止？
slurm报错如下：
"[cn034:1868004] mca_base_component_repository_open: unable to open mca_mtl_ofi: libefa.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory (ignored)
[cn034:1867979:0:1867979] ib_mlx5_log.c:174  Remote access on mlx5_0:1/IB (synd 0x13 vend 0x88 hw_synd 0/0)
[cn034:1867979:0:1867979] ib_mlx5_log.c:174  RC QP 0xeef7 wqe[744]: RDMA_READ s-- [rva 0x1f76a3400 rkey 0x217668] [va 0x1efc7e650 len 4016 lkey 0x273680] [rqpn 0xee4c dlid=115 sl=0 port=1 src_path_bits=0]
==== backtrace (tid:1867979) ====
0  /opt/ohpc/pub/mpi/ucx-ohpc/1.11.2/lib/libucs.so.0(ucs_handle_error+0x254) [0x149f5a8c7b94]
1  /opt/ohpc/pub/mpi/ucx-ohpc/1.11.2/lib/libucs.so.0(ucs_fatal_error_message+0xb0) [0x149f5a8c4840]
2  /opt/ohpc/pub/mpi/ucx-ohpc/1.11.2/lib/libucs.so.0(ucs_log_default_handler+0xef9) [0x149f5a8c9669]
3  /opt/ohpc/pub/mpi/ucx-ohpc/1.11.2/lib/libucs.so.0(ucs_log_dispatch+0xcc) [0x149f5a8c97dc]
4  /opt/ohpc/pub/mpi/ucx-ohpc/1.11.2/lib/ucx/libuct_ib.so.0(uct_ib_mlx5_completion_with_err+0x265) [0x149f5a00b965]
5  /opt/ohpc/pub/mpi/ucx-ohpc/1.11.2/lib/ucx/libuct_ib.so.0(+0x35ec5) [0x149f5a01eec5]
6  /opt/ohpc/pub/mpi/ucx-ohpc/1.11.2/lib/libucp.so.0(ucp_worker_progress+0x22) [0x149f5af77832]
7  /opt/ohpc/pub/mpi/openmpi4-gnu9/4.1.1/lib/libopen-pal.so.40(opal_progress+0x2c) [0x14a12af2d0ac]
8  /opt/ohpc/pub/mpi/openmpi4-gnu9/4.1.1/lib/libopen-pal.so.40(ompi_sync_wait_mt+0xb5) [0x14a12af33975]
9  /opt/ohpc/pub/mpi/openmpi4-gnu9/4.1.1/lib/libmpi.so.40(ompi_request_default_wait_all+0x3da) [0x14a12d27334a]
10  /opt/ohpc/pub/mpi/openmpi4-gnu9/4.1.1/lib/libmpi.so.40(PMPI_Waitall+0x8f) [0x14a12d2b55bf]
11  /opt/ohpc/pub/mpi/openmpi4-gnu9/4.1.1/lib/libmpi_mpifh.so.40(pmpi_waitall+0x75) [0x14a12cbc6595]
12  /opt/ohpc/pub/mpi/openmpi4-gnu9/4.1.1/lib/libmpi_usempif08.so.40(mpi_waitall_f08_+0x63) [0x14a12d003f33]
13  cp2k.popt() [0x34ba026]
14  cp2k.popt() [0x350f1a1]
15  cp2k.popt() [0x31b4527]
16  cp2k.popt() [0x31229ad]
17  cp2k.popt() [0x13795a4]
18  cp2k.popt() [0x119d425]
19  cp2k.popt() [0xdd4973]
20  cp2k.popt() [0xdd8040]
21  cp2k.popt() [0x1c4c1fa]
22  cp2k.popt() [0x1c5b240]
23  cp2k.popt() [0x1758b5c]
24  cp2k.popt() [0x1949d39]
25  cp2k.popt() [0x1557298]
26  cp2k.popt() [0x7e850b]
27  cp2k.popt() [0x730b23]
28  cp2k.popt() [0x6ee490]
29  cp2k.popt() [0x63522f]
30  cp2k.popt() [0x638582]
31  cp2k.popt() [0x632806]
32  cp2k.popt() [0x59a29d]
33  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x14a12b6a3493]
34  cp2k.popt() [0x630c2e]
=================================

Program received signal SIGABRT: Process abort signal.

Backtrace for this error:
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 1 with PID 1867977 on node cn034 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------"

作者
Author: abin 时间: 2024-3-26 14:09

Anmmun 发表于 2024-3-26 12:59
谢谢，我采用module load gcc, module load openmpi, 然后./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no ...

这玩意不是我编译的.

无法提供协助.

看样子, 你所在的机器具有IB网络.
如果你捣鼓不对, 多机器并行, 计算是跑在IPoIB模式, 会很慢的.

就算是RoCE, 那也是比IB-RDMA慢很多的.

如果不是很明白, 不要瞎折腾.

如果仅仅是单机多核并行, 是否采用RDMA模式, 影响可以忽略.

另, 我提供的cp2k版本, 是开箱即用支持IB-RDMA模式的, 如有需要再联系我.

作者
Author: love_yy 时间: 2024-4-1 20:17
本帖最后由 love_yy 于 2024-4-1 20:21 编辑

求助各位老师，最近安装的cp2k-2024.1 “ssmp ，psmp”版本在测试http://sobereva.com/586帖子中的测试文件时候发现只有ssmp版可以跑，psmp会有以下mpi并行报错。
(, 下载次数 Times of downloads: 33)
我的openmpi版本是4.1.1且在bashrc中配置过环境（orca-504可以并行多核跑），系统为rocky Linux 9

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-4-1 20:47
为什么不用toolchain编译

作者
Author: jingetiema6112 时间: 2024-4-7 11:36
本帖最后由 jingetiema6112 于 2024-4-7 11:38 编辑

老师你好，按照您的教程，出现以下两个问题。初学折腾好几天了，恳请指教。我是直接安装的linux虚拟机

==================== Installing ELPA ====================
elpa-2023.05.001.tar.gz is found
Installing from scratch into /home/king/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/elpa-2023.05.001/cpu
/usr/bin/env: python3: No such file or directory
Step elpa took 58.00 seconds.
Step ptscotch took 0.00 seconds.
Step superlu took 0.00 seconds.
Step pexsi took 0.00 seconds.
Step quip took 0.00 seconds.

==================== generating arch files ====================
arch files can be found in the /home/king/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/arch subdirectory
/usr/bin/env: python3: No such file or directory
[king@192 toolchain]$

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-4-7 15:05

jingetiema6112 发表于 2024-4-7 11:36
老师你好，按照您的教程，出现以下两个问题。初学折腾好几天了，恳请指教。我是直接安装的linux虚拟机

= ...

装个anaconda 就完事了
确保在bash中输入python3 不报错

作者
Author: jingetiema6112 时间: 2024-4-7 15:18

goldNAN 发表于 2024-4-7 15:05
装个anaconda 就完事了
确保在bash中输入python3 不报错

感谢老师解答，问题已解决，最后运行了一下cp2k.ssmp -v,显示以下结果，安装算是成功了吧？
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: Quantum198907 时间: 2024-4-7 16:36
大家有没有做过测试，相同的任务，2024.1比2023.2慢~~~~~电子步最大能慢20%。

作者
Author: love_yy 时间: 2024-4-7 20:25
各位老师，在rocky Linux9.3上安装cp2k时用toolchain“./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=system --with-plumed=install --with-elpa=no --with-scalapack=no --with-mpich=no --math-mode=mkl"成功安装了库文件，但是在编译‘psmp’版本的时候报错：
”No underlying compiler was specified in the wrapper compiler data file (e.g., mpicc-wrapper-data.txt)“
但是编译ssmp版正常，测试sob老师的安装帖子中的测试文件后也可以正常运行。因为里面还装有orca504，所以就用的openmpi-411（已成功安装可以运行），现在一装并行版就报错，也没有发现有合适的解决办法，特此请教一下各位老师，十分感谢！

作者
Author: zhangs 时间: 2024-4-15 22:18
耗时一个多星期试了很多方法，就博主这个让我这个小白成功泪目！！！顺带问下博主大大运行cp2k只能这个命令吗？mpirun -np 32 cp2k.popt X.inp还是可以修改

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-4-16 08:42

zhangs 发表于 2024-4-15 22:18
耗时一个多星期试了很多方法，就博主这个让我这个小白成功泪目！！！顺带问下博主大大运行cp2k只能这个 ...

-np 后面是核心数可改

作者
Author: zhangs 时间: 2024-4-16 10:49
博主，是不是机子必须是python3才能编译成功啊

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-4-16 14:14

zhangs 发表于 2024-4-16 10:49
博主，是不是机子必须是python3才能编译成功啊

不知道也许吧因为我测试的机器上都有python3

作者
Author: wellzt 时间: 2024-6-20 10:52
您就是大慈大悲救苦救难观世音菩萨！🙏

作者
Author: kingbb 时间: 2024-7-1 23:05
这个版本使用 pob-TZVP PBE 计算氧化物晶体为啥SCF不收敛，Convergence不停得往上涨

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-7-2 10:53

kingbb 发表于 2024-7-1 23:05
这个版本使用 pob-TZVP PBE 计算氧化物晶体为啥SCF不收敛，Convergence不停得往上涨

这像是个抱怨的陈述句，您没有提出您的问题。如果你的问题是怀疑这个版本的CP2K有问题，应当晒出不同版本CP2K计算同一个输入文件的不同输出、不同SCF收敛情况

作者
Author: ZhenGong 时间: 2024-7-3 16:32
请问老师，我在安装结束后出现这个报错，这是什么原因呢？应该如何解决。

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-7-3 23:11

ZhenGong 发表于 2024-7-3 16:32
请问老师，我在安装结束后出现这个报错，这是什么原因呢？应该如何解决。

需要具体查看为什么gcc为什么装不了

作者
Author: ZhenGong 时间: 2024-7-4 16:00

goldNAN 发表于 2024-7-3 23:11
需要具体查看为什么gcc为什么装不了

谢谢老师，请问应如何查看呢？

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-7-4 18:59

ZhenGong 发表于 2024-7-4 16:00
谢谢老师，请问应如何查看呢？

安装日志

作者
Author: 桂の猿 时间: 2024-7-23 14:21
谢谢老师分享，我试图用ssmp而非popt运行，但是运行失败，请问应该如何修改，支持ssmp

作者
Author: wli 时间: 2024-7-25 11:20
请问只安装了ssmp psmp版本为什么会有cp2k.popt呢?而且我确实编译好之后没有cp2k.popt，使用ssmp并行效率非常差，请问该怎么么解决呢

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-7-25 11:34

wli 发表于 2024-7-25 11:20
请问只安装了ssmp psmp版本为什么会有cp2k.popt呢?而且我确实编译好之后没有cp2k.popt，使用ssmp并行效率 ...

那就自己重新装一遍CP2K 看看哪里报错

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-7-25 11:35

桂の猿发表于 2024-7-23 14:21
谢谢老师分享，我试图用ssmp而非popt运行，但是运行失败，请问应该如何修改，支持ssmp

那就自己再装一遍CP2K 看看哪里报错了

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-25 11:46

wli 发表于 2024-7-25 11:20
请问只安装了ssmp psmp版本为什么会有cp2k.popt呢?而且我确实编译好之后没有cp2k.popt，使用ssmp并行效率 ...

你 cd 到 exe/local 目录下看看就知道了， cp2k.popt 指向的就是 cp2k.psmp

作者
Author: Shana 时间: 2024-8-15 17:34
请教一下，安装最新的cp2k V2024.2也能行吗？

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-8-16 08:57

Shana 发表于 2024-8-15 17:34
请教一下，安装最新的cp2k V2024.2也能行吗？

可以试试不一定可以

作者
Author: 1138711019 时间: 2024-8-29 17:27
请教一下，顺利按完了2024.2版本，也设置好了环境变量，把之前的注释掉了。为啥mpirun -np 128 cp2k.popt -i X.inp 出来计算的还是之前的版本啊？

作者
Author: 1138711019 时间: 2024-8-29 17:29

1138711019 发表于 2024-8-29 17:27
请教一下，顺利按完了2024.2版本，也设置好了环境变量，把之前的注释掉了。为啥mpirun -np 128 cp2k.popt - ...

解决了，犯了个低级错误

作者
Author: 薛定谔的老猫 时间: 2024-9-25 21:16
configure: error: in `/home/yczhu/Soft/cp2k-2024.1/tools/toolchain/build/elpa-2023.05.001/build_cpu':
configure: error: C++ compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
make: *** No targets specified and no makefile found. Stop.
make: *** No rule to make target `install'. Stop.
/home/yczhu/Soft/cp2k-2024.1/tools/toolchain/scripts/tool_kit.sh: line 663: /home/yczhu/Soft/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/elpa-2023.05.001/install_successful: No such file or directory
请问有人遇到这个问题吗？

作者
Author: zmjsce 时间: 2024-9-27 15:14
感谢楼主，我在centos 7.9上按照您的方法安装成功了~

作者
Author: goldNAN 时间: 2024-9-29 10:01

薛定谔的老猫发表于 2024-9-25 21:16
configure: error: in `/home/yczhu/Soft/cp2k-2024.1/tools/toolchain/build/elpa-2023.05.001/build_cpu' ...

C++没编译好

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-9-29 10:51

薛定谔的老猫发表于 2024-9-25 21:16
configure: error: in `/home/yczhu/Soft/cp2k-2024.1/tools/toolchain/build/elpa-2023.05.001/build_cpu' ...

如果你使用GNU系列编译器（如gcc-9.2）编译CP2K，编译前应运行以下6行命令，检查是否存在相应的编译器，以及版本是否一致
which gcc
which g++
which gfortran
gcc --version
g++ --version
gfortran --version
哪一个有问题就不用编译CP2K了，先把编译器问题解决。（虽然也可以让CP2K工具链现场安装一个gcc，但你没交待细节，我默认你机器上已经有某种gcc了）

作者
Author: 薛定谔的老猫 时间: 2024-9-29 16:11

zjxitcc 发表于 2024-9-29 10:51
如果你使用GNU系列编译器（如gcc-9.2）编译CP2K，编译前应运行以下6行命令，检查是否存在相应的编译器， ...

好的，就是使用CP2K工具连接的gcc，把gcc的包下载到了buIld文件里面，先确认下编译器的问题，感谢！

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Author: zjxitcc 时间: 2024-9-29 16:20

薛定谔的老猫发表于 2024-9-29 16:11
好的，就是使用CP2K工具连接的gcc，把gcc的包下载到了buIld文件里面，先确认下编译器的问题，感谢！

如果你是让CP2K现编译一个gcc，那出现这种错误就是gcc没编译成功，要往前找报错。

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