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标题: 求助：用gromacs运行能量最小化出现错误，终端显示“已杀死” [打印本页]

作者
Author: ydp111~ 时间: 2024-3-21 10:34
标题: 求助：用gromacs运行能量最小化出现错误，终端显示“已杀死”
我在运行gmx mdrun -v -deffnm em 的时候终端显示“已杀死”，这是什么原因引起的啊？请求大神们指点，感谢！
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-21 10:46
没必要用那么大盒子，没准内存不够
亦有可能拓扑文件存在硬伤，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查

作者
Author: ydp111~ 时间: 2024-3-21 11:23
好的，谢谢sob老师，盒子设置那么大是因为在运行gmx grompp -f em.mdp.....时出现了下面的错误，所以才把cut-off设置了10，盒子大小改成了5

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