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标题: 使用分子动力学模拟计算/表征疏水作用的疑问 [打印本页]

作者
Author: Tifo 时间: 2024-3-21 13:21
标题: 使用分子动力学模拟计算/表征疏水作用的疑问
请问各位老师，我想通过分子动力学模拟计算体系中的疏水作用。根据sob老师在之前帖子中的说法 (关于分子动力学模拟中疏水效应的问题，http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 24829&fromuid=33212)，可以通过取消疏水溶质之间的静电力作用和范德华力作用（色散项部分）来计算，关于这种方法我有些疑问：
1. 既然认为疏水作用主要是由于疏水溶质周围的水分子的排列在溶质靠近时受到扰动，进而引起系统熵变产生的，那么将溶质的电荷设为0后，其周围水分子的排列也会出现变化，相应的疏水作用应该也有所变化吧（还是说只是取消溶质间的静电等作用，而不是简单的将溶质电荷设为0）
2. 如果并不需要精确的计算出疏水作用或‘疏水力’，是否有更简单的方法表征疏水作用，例如对于水溶液中由于疏水作用相互靠近的两个苯环，分别计算存在水分子和删除体系中所有水分子情况下，苯环靠近时的PMF曲线，该两条PMF曲线的差异能否用来表征疏水作用？

希望各位老师不吝赐教

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-21 13:44
可以计算分离状态和结合状态的溶解熵（solvation entropy），求差来衡量结合过程的熵变

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