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标题: sob老师的PCA教程求助 [打印本页]

作者
Author: 2535882172 时间: 2024-3-21 15:18
标题: sob老师的PCA教程求助
看了sob老师的PCA教程http://sobereva.com/73，跟大佬们请教一些疑问：
①请问如何寻找能量景观图里的低能量点所对应的结构呢
②我想分析蛋白质中loop区的结构变化，如果计算蛋白质的能量景观，是否会覆盖loop区的构象变化呢，能不能只计算loop区的能量景观呢
③如果PC1和PC2能够解释的信息比较少，如何才能提高这一比重

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-21 18:39
在散点图上显示每个散点对应的帧号便知

原理上可以

该多少就是多少，跟动力学行为有关。如果体系在模拟过程中本来就没有显著的运动特征，不可能有单一或很少量PC能够把运动行为描述充分

作者
Author: 2535882172 时间: 2024-3-21 20:39

sobereva 发表于 2024-3-21 18:39
在散点图上显示每个散点对应的帧号便知

原理上可以

谢谢老师！

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