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标题: 各位大佬们如何通过lammps实现以下文献中的操作求PMF呢 [打印本页]

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Author: Simll 时间: 2024-3-21 15:56
标题: 各位大佬们如何通过lammps实现以下文献中的操作求PMF呢
[color=rgba(0, 0, 0, 0.85)]PMF通过在每个模拟窗口上的MD模拟来解决，该模拟窗口是收集部分。在本研究中，采用了25个窗口，每个窗口的宽度设置为0.1 nm。目标分子最初处于孔隙的中间，逐渐被拉向干酪根表面，同时受到弹簧力的约束。每个窗口上产生的轨迹通过伞形采样方法和加权直方图分析方法进行处理。55为了获得准确的轨迹，仅在一维上计算PMF;因此，目标分子的运动被限制在一维上。54分别选择CH 4、CO2和H2O分子作为目标分子，以获得每个组分的PMF。
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