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标题: 用Gaussian中的ADMP关键词模拟分子动力学，能否将分子结构可视化 [打印本页]

作者
Author: 0916 时间: 2016-11-6 00:10
标题: 用Gaussian中的ADMP关键词模拟分子动力学，能否将分子结构可视化
老师同学大家好，我用Gaussian中的关键词ADMP进行了分子动力学模拟，不知道能否利用ADMP的结果将其分子的轨迹可视化（以动画的形式）？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-6 02:30
gview打开输出文件，file-save movie

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-6 02:31
gview打开输出文件，file - save movie

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-11-6 08:58
咨询一下楼主：Gaussian中的关键词ADMP进行了分子动力学模拟
这个是怎么实现的呢？
谢谢指点

作者
Author: 0916 时间: 2016-11-6 10:39

sobereva 发表于 2016-11-6 02:31
gview打开输出文件，file - save movie

谢谢sob老师。

作者
Author: 0916 时间: 2016-11-6 10:45

小范范1989 发表于 2016-11-6 08:58
咨询一下楼主：Gaussian中的关键词ADMP进行了分子动力学模拟
这个是怎么实现的呢？
谢谢指点

原理吗？
属于分子动力学的Lagrangian方法，使用Gaussian基函数和密度矩阵传播分子动力学模型。其作用与BOMP是等价的，手册上说更省时。
我也是初次接触，若有不对还望多多指教。

作者
Author: 0916 时间: 2016-11-6 16:30

sobereva 发表于 2016-11-6 02:31
gview打开输出文件，file - save movie

老师，您好，我按您说的处理只能得到各个时间点的对应结构的图像，不能以mv的形式展示出来，这事怎么回事？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-6 20:59

0916 发表于 2016-11-6 16:30
老师，您好，我按您说的处理只能得到各个时间点的对应结构的图像，不能以mv的形式展示出来，这事怎么回事 ...

什么叫movie形式展现出来？得到的gif动画本身就是movie的一种
如果你要在动画上加上诸如当前时间，你得自己用第三方视频编辑程序去搞

作者
Author: 0916 时间: 2016-11-6 22:12
嗯嗯，谢谢老师。用VMD可以搞吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-6 23:12

0916 发表于 2016-11-6 22:12
嗯嗯，谢谢老师。用VMD可以搞吗？

将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126

作者
Author: 0916 时间: 2016-11-7 00:01

sobereva 发表于 2016-11-6 23:12
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126

嗯嗯，谢谢老师

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