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标题: gromacs能量最小化命令报错如何解决呢 [打印本页]

作者
Author: @LWS 时间: 2024-3-23 10:16
标题: gromacs能量最小化命令报错如何解决呢
本帖最后由 @LWS 于 2024-3-23 10:18 编辑

各位大神好，我有以下问题需要请教，谢谢大家。
我用gromacs对以苯为溶质，甲烷为溶剂的体系进行模拟。我先是建了一个一个苯分子的4×4×4的盒子，然后在盒子中加入了100个甲烷分子。命令如下：
①gmx insert-molecules -ci ben.gro -nmol 1 -box 4 4 4 -o ben_box.gro
②gmx insert-molecules -ci ch4.gro -nmol 100 -f ben_box.gro -o ben_ch4.gro

1、gromacs中能量最小化命令gmx grompp -f minim.mdp -c ben_ch4.gro -p topol.top -o em.tpr 中topol.top是苯+甲烷的信息吗？
2、topol.top文件中的atomtypes是我将苯和甲烷的itp中atomtypes复制过来的。
3、我执行能量最小化命令时，报错如下,想请教各位此报错如何解决呢？
谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-23 10:41
老生常谈的问题。以后遇到报错先把报错放到论坛首页google框搜，避免重复提问

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 25)

作者
Author: @LWS 时间: 2024-3-23 15:49
谢谢老师。老师，我的这个顺序是对的呀。但还是报错。

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