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标题: 求教优化400个原子的S1态几何结构快速方法 [打印本页]

作者
Author: qinsc 时间: 2024-3-23 13:34
标题: 求教优化400个原子的S1态几何结构快速方法
如题，有一个400个原子的大分子需要优化S1态的几何结构，目前使用 Gaussian tddft wB97X-D 6-31G(d,p)，算了好几天了，还没收敛，目前大概跑了90步，起始结构使用了基态的结构，看输出文件是逐渐在收敛。
想求教一下有没有快一点的方法呢，比如说类似于xtb这样，精度其实不用很高。用ORCA太吃内存了，64核512G内存都不够用，一算到激发态就报错内存不够。
谢谢各位老师。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-3-23 14:56
如果是有机/生物体系，可以用GEBF-TDDFT(https://itcc.nju.edu.cn/lsqc)

作者
Author: KSeGaSn 时间: 2024-3-23 15:50
实际用个32核每核12800MB ORCA也能报错的吗也还可以再降低核数多给内存…… 我wb97x-D3/def2SVP/nroots=6算过一个300原子的纯有机分子的激发态用9600MB/核轻松算下去了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-23 16:29
orca总内存固定的情况下，减少核数，对解决内存不够问题有一定帮助。因为orca计算需要的很多量都是给每个核各存一份的，减少核数可以减少内存总消耗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-23 21:44
S1激发不会牵扯到整体各个地方，很多情况都可以简化体系，诸如把长烃链简化为甲基、甲基简化为氢等等来节约原子数。并且很不重要的地方也可以用3-21G档次的基组。具体怎么做没具体结构没法判断。氢的极化函数对于算激发态一般不需要加，即便加也只对关键地方加就够了。

作者
Author: qinsc 时间: 2024-3-24 00:59

sobereva 发表于 2024-3-23 21:44
S1激发不会牵扯到整体各个地方，很多情况都可以简化体系，诸如把长烃链简化为甲基、甲基简化为氢等等来节约 ...

谢谢sob老师，烷基链已经简化为甲基了，我想着都用了杂化泛函了，至少也用个6-31。sob老师的意思是就只用6-31g(d)是吗？
另外想问下sob老师，TDDFT计算可以用纯泛函优化激发态结构吗？比如b97-3c r2scan-3c，精度要求不高的情况下。
谢谢sob老师。

作者
Author: qinsc 时间: 2024-3-24 01:00

wzkchem5 发表于 2024-3-23 16:29
orca总内存固定的情况下，减少核数，对解决内存不够问题有一定帮助。因为orca计算需要的很多量都是给每个核 ...

是的，一开始也想着降核用ORCA，但高斯能算，我想用64核怎么也比orca32核快点。

作者
Author: qinsc 时间: 2024-3-24 01:01

KSeGaSn 发表于 2024-3-23 15:50
实际用个32核每核12800MB ORCA也能报错的吗也还可以再降低核数多给内存…… 我wb97x-D3/def2SVP/nroots=6 ...

我想这用高斯64核肯定比ORCA32快就用Gaussian了。

作者
Author: qinsc 时间: 2024-3-24 01:01

zjxitcc 发表于 2024-3-23 14:56
如果是有机/生物体系，可以用GEBF-TDDFT(https://itcc.nju.edu.cn/lsqc)

感谢推荐，有空学习一下~

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-24 11:09

qinsc 发表于 2024-3-24 00:59
谢谢sob老师，烷基链已经简化为甲基了，我想着都用了杂化泛函了，至少也用个6-31。sob老师的意思是就只用 ...

重要的地方6-31G*，不重要的地方还可以用我前面说的更便宜的。而且相对不重要的碳用6-31G往往也可以接受，它对极化函数的要求没杂原子那么高
如果是CT态，B3LYP这种HF成份的泛函都往往定性错误，纯泛函就更不靠谱了

作者
Author: qinsc 时间: 2024-3-24 13:51

sobereva 发表于 2024-3-24 11:09
重要的地方6-31G*，不重要的地方还可以用我前面说的更便宜的。而且相对不重要的碳用6-31G往往也可以接受 ...

明白了，谢谢sob老师。

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