计算化学公社

标题: 求助：使用一键计算RESP2脚本报错 [打印本页]

作者
Author: sherlcokerry 时间: 2024-3-23 13:36
标题: 求助：使用一键计算RESP2脚本报错
各位前辈好！本人尝试用培训班中关于电解质水溶液的模拟中的方法，在CentOS7.6下LINUX系统对钙离子和碳酸根离子计算RESP2电荷，进而得到离子的拓扑文件，用以包含球霰石晶体表面溶液的模拟，但terminal出现以下提示：
[root@localhost ion]# ./RESP.sh CA2+.mol2 2 1Net charge = 2
Spin multiplicity = 1
Solvent name was not defined. Default to water
Running optimization task via Gaussian...
Done!
Running single point task via Gaussian...
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000004e9c, rsp 00007ffe0bce33c8, rbp 00007ffe0bce3940
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000004e9c, r8  0000000000000020
r9  0000000000000401, r10 00007ffe0bce2e20, r11 0000000000000202
r12 00007ffe0bce3988, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
r15 00000000000003e6
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf5d0) [0x2b7fc50ab5d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b7fc55f04d7]
  /sob/g16/l602.exe() [0x475129]
  /sob/g16/l602.exe() [0x48c4ba]
  /sob/g16/l602.exe() [0x4e8c2c]
  /sob/g16/l602.exe() [0x4afa86]
  /sob/g16/l602.exe() [0x46454b]
  /sob/g16/l602.exe() [0x4526ee]
  /sob/g16/l602.exe() [0x450c2b]
  /sob/g16/l602.exe() [0x450b34]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b7fc55dc3d5]
  /sob/g16/l602.exe() [0x450a29]
The task has failed! Exit the script...
我不清楚是什么原因造成的错误，尝试安装过不同版本的Gaussian，但报错提示均相同，.mol2文件由GaussView6.0生成，也尝试过从晶体.cif配合VMD“基于分子晶体cif文件抠出分子团簇”的脚本获取钙离子、碳酸根离子结构文件，但似乎不是症结所在。想请教一下各位有什么解决此问题的思路吗？因为是第一次提问，加上对于相关知识了解浅薄，不知是否清晰地表达出了想问的问题，还是缺少排查问题的关键信息，请批评指正，谢谢！便问一下，要是模拟溶液中碳酸钙晶体表面两种离子的分子动力学情况，对两种离子计算原子电荷这么做是否合适（有关文献中的模拟没有提到拓扑文件的准备），另外需要对碳酸钙晶体结构的cif文件进行处理计算电荷吗？谢谢！

作者
Author: 牧生 时间: 2024-3-23 18:53
本帖最后由牧生于 2024-3-23 19:57 编辑

我寻思，你这也不是计算RESP2啊。你分明用的是RESP.sh脚本啊，而且还写Net charge = 2 干嘛

你没看这个帖子啊
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 6190&highlight=RESP

着重看7 基于结构文件傻瓜式一键调用Gaussian和Multiwfn计算RESP2电荷

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-23 21:40
你当前的计算没有任何意义。不管用什么方法算Ca2+的原子电荷，必然只能是2，结果本来就是已知的。

作者
Author: sherlcokerry 时间: 2024-3-23 21:58

牧生发表于 2024-3-23 18:53
我寻思，你这也不是计算RESP2啊。你分明用的是RESP.sh脚本啊，而且还写Net charge = 2 干嘛[/b ...

对哦，完全迷糊了，谢谢您的回复，也就是说我不需要计算什么电荷，直接在需要定义电荷的地方输入就可以了吗？

作者
Author: sherlcokerry 时间: 2024-3-23 21:59

sobereva 发表于 2024-3-23 21:40
你当前的计算没有任何意义。不管用什么方法算Ca2+的原子电荷，必然只能是2，结果本来就是已知的。

谢谢社长的回复，我竟然连这种问题都没有反应过来，贻笑大方了。

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