计算化学公社

标题: 在能量最小化，温度模拟，压强模拟，正式模拟中的随机种子问题 [打印本页]

作者
Author: Allan_Zhang 时间: 2024-3-24 11:19
标题: 在能量最小化，温度模拟，压强模拟，正式模拟中的随机种子问题
我现在想通过gromacs和MMPBSA进行比较两个蛋白质复合物（一个蛋白质复合物由两条肽链组成，这且两个蛋白复合物之间只有很少的氨基酸差异）的结合自由能，我想保证自己gromacs模拟的可重复性和可比性，我在想能不能设置模拟中出现的所有随机种子为相同来实现? 如果可以的话我需要设置的随机种子都是什么（目前我知道的为gen_seed, ld_seed）

作者
Author: lyj714 时间: 2024-3-24 13:06
本帖最后由 lyj714 于 2024-3-24 13:08 编辑

就算设置完全相同，随机数都一样，跑出来的基本上也不会一模一样。论坛有关于分子动力学重复性的讨论，可以搜一下。

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-3-25 15:32
基本不可能得到完全一样的结果，因为gromacs是赋予分子随机速度的，很难保证两次得到一样的结果。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)