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标题: 利用gromacs求schlitter熵出现nan [打印本页]

作者
Author: ZMHZMH 时间: 2024-3-25 09:43
标题: 利用gromacs求schlitter熵出现nan
我在利用gromacs中的gmx covar 和 gmx anaeig 计算schlitter熵时，有时候不输出熵值，会出现nan。
具体的体系是，100个十二烷分子，其余填充水分子。运行15ns，15000帧，计算100个十二烷分子的熵随时间的变化。
图中表示的就是熵随时间的变化。断点处就是熵出现了nan，想知道为什么会出现这种情况。

作者
Author: UPL_JUN 时间: 2025-5-30 14:56
想请教一下楼主是怎么绘制这个图的？我也想做一下体系熵随反应时间的关系图。现在想的是用窗口平移的思路，但是基于窗口长度和帧数的限制（必须要足够长），计算单点的熵就需要很多时间，感觉做到楼主这样的曲线需要的计算资源有点不现实，而且gmx anaeig -entropy这个指令好像没有输出熵值到文件的选项？该如何实现熵值-时间点的提取？

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