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标题: CP2K计算环糊精接枝的COF与氨基酸分子的结构优化相互作用分析求助 [打印本页]

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-3-25 17:23
标题: CP2K计算环糊精接枝的COF与氨基酸分子的结构优化相互作用分析求助
本帖最后由红茶泡枸杞于 2024-3-25 17:27 编辑

cp2k版本为2022.2，计算和分析环糊精接枝的COF和氨基酸之间的相互作用，尝试用cp2k计算文献中已有的例子，计算结合能差，如果我用最小晶胞，原子显示不全，如果构建2*2*1超胞，边界会有多余的原子，应该如何处理呢？我尝试把边界的原子都删了，只保留原始的COF六元环、环糊精和氨基酸分子，这样是变成孤立体系了吗？如果想以周期性体系计算，晶胞应该如何设置呢？如计算结合能差，需单独计算氨基酸分子的能量，小体系好像不适合用cp2k来算，这样看来好像用高斯以孤立体系来算更方便一点，不知道我理解的是否正确。COF如下图所示，计算采用的泛函和基组为PBE-D3(BJ)、DZVP-MOLOPT-SR-GTH，后续需要做AIM分析、IGMH分析、ESP分析。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-25 18:11
用CP2K计算完全适合

什么叫多余的原子，弄清楚什么叫周期边界条件，正确理解体系的周期性

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-3-25 21:20

sobereva 发表于 2024-3-25 18:11
用CP2K计算完全适合

什么叫多余的原子，弄清楚什么叫周期边界条件，正确理解体系的周期性

社长您好，不知道我理解的是否正确，周期性边界条件可以重新再现完整的分子及其周围分子，消除边界效应，但要尽可能增大模拟体系的规模。上面说的多余的原子是指除原始COF六元环之外的原子，之前担心2*2*1这样会不会计算量过大，以及这样计算是否正确，我用同等水平的泛函和基组算氨基酸分子的能量可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-26 00:46

红茶泡枸杞发表于 2024-3-25 21:20
社长您好，不知道我理解的是否正确，周期性边界条件可以重新再现完整的分子及其周围分子，消除边界效应， ...

COF六元环以外的不就是和它作用的那部分分子，怎么能叫多余的？如果你是指不希望那部分分子的周期镜像出现（随着扩胞一起出现的），把镜像部分删了就完了。

当前的2*2*1晶胞用CP2K跑得动

可以

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-3-26 10:31

sobereva 发表于 2024-3-26 00:46
COF六元环以外的不就是和它作用的那部分分子，怎么能叫多余的？如果你是指不希望那部分分子的周期镜像出 ...

十分感谢社长的解答，我接下来用上面的图1的2*2*1晶胞计算试试看。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-3-26 15:26

sobereva 发表于 2024-3-25 18:11
用CP2K计算完全适合

什么叫多余的原子，弄清楚什么叫周期边界条件，正确理解体系的周期性

社长您好，我之前用图三计算，这个如果算完了结果能用来分析吗？六百多个原子，算了一周，现在还没有结束。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-26 18:52

红茶泡枸杞发表于 2024-3-26 15:26
社长您好，我之前用图三计算，这个如果算完了结果能用来分析吗？六百多个原子，算了一周，现在还没有结束 ...

所以别用那种模型算，属于自取其辱
都会用CP2K干嘛不当成周期性算。用图3的结果更烂、又不省什么时间

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-3-26 20:24

sobereva 发表于 2024-3-26 18:52
所以别用那种模型算，属于自取其辱
都会用CP2K干嘛不当成周期性算。用图3的结果更烂、又不省什么时间

好的社长，感谢您的耐心解答。

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