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标题: 运行pdb2gmx所得到的蛋白gro在VMD中二级结构显示异常是什么原因 [打印本页]

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Author: yihanxu 时间: 2024-3-25 18:06
标题: 运行pdb2gmx所得到的蛋白gro在VMD中二级结构显示异常是什么原因
本帖最后由 yihanxu 于 2024-3-26 21:43 编辑

各位老师好，对HNE蛋白结构运行pdb2gmx命令之后得到了一个gro文件，想用VMD看一看结构是否合理，结果发现蛋白质二级结构显示异常，如图：1.一些二级结构没有显示，看上去像断了，我查了几个没显示的残基，比如VAL和ASN，它们rtp和pdb原子名是一致的啊；2.由VMD显示的时候最后一个残基被VMD判定为not protein。请问该怎么解决呢？

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更新：我观察到，pdb文件中某一些resid下包含2~3个不同的残基，见图，resid 62不仅有62还有62A和62B，总共包括resid为62、65、99、186、188、222的六处位置，正好与gro文件中二级结构没有显示出来的位置对应。不知道它们有没有关联？
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更新：这个可能不影响计算吧（我已经计算出最后的md结果，VMD观看依然是异常状态，但是算的时候没有什么问题，index分组的时候gmx也能判断对哪些原子属于蛋白大分子），但是这种异常肯定影响后处理和观看，请求大家帮忙看看！

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