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标题: 求助：做不含水二元体系能量最小化时输出index.ndx文件发现分类中出现了水 [打印本页]

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Author: 百里荆途 时间: 2024-3-25 21:07
标题: 求助：做不含水二元体系能量最小化时输出index.ndx文件发现分类中出现了水
打扰各位老师！刚接触gromacs的新手请教一个问题：在做三氯甲烷和四氢吡喃二元体系的能量极小化时，发现索引文件里出现了water的分类，但是并没有添加水。而且水和非水的分组分别对应了两种组分，如图所示。请问这是怎么回事？模拟的结果是否会受到影响？后续进行平衡相和产生相计算时是否会影响结果？模拟相关的力场等文件附在压缩包里。

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Author: sobereva 时间: 2024-3-26 00:10
有残基名叫SOL的就会自动当成Water组，判断规则在top目录下的residuetypes.dat里。显然甭管它就完了

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Author: 百里荆途 时间: 2024-3-26 09:29

sobereva 发表于 2024-3-26 00:10
有残基名叫SOL的就会自动当成Water组，判断规则在top目录下的residuetypes.dat里。显然甭管它就完了

原来是这样！感谢sob老师答疑解惑！还有一个疑问：我在将两种组分的命名改为CHCl和CHO后，计算能量极小化时会很难收敛，继续计算平衡相也有一定概率报错，但最终的计算结果不论是总能量和密度都没有超过三位数的差别。其他都没有更改，请问为什么会出现这种情况呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-26 14:25

百里荆途发表于 2024-3-26 09:29
原来是这样！感谢sob老师答疑解惑！还有一个疑问：我在将两种组分的命名改为CHCl和CHO后，计算能量极小化 ...

我不清楚你改的具体什么位置
搞清楚gromacs处理文件的机制、注意看grompp的各种提示判断。对于模拟报错/崩溃，注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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Author: 百里荆途 时间: 2024-3-26 16:44

sobereva 发表于 2024-3-26 14:25
我不清楚你改的具体什么位置
搞清楚gromacs处理文件的机制、注意看grompp的各种提示判断。对于模拟报错/ ...

明白了！非常感谢Sob老师！

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