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标题: gmx模拟DESs溶液表面张力时出现负值的问题 [打印本页]

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tllll    时间: 2024-3-26 17:16
标题: gmx模拟DESs溶液表面张力时出现负值的问题
本帖最后由 tllll 于 2024-3-26 17:17 编辑

各位老师好,我在模拟DES(氯化胆碱和丙二醇)与乙醇的混合溶液时(DES与乙醇是互溶的),对其表面张力在323.15K—373.15K,常压下进行了模拟,低温区的表面张力为正,从343.15K起,表面张力开始变为负值,不知道该如何解决,麻烦各位老师赐教,感激不尽
以下是我的模拟过程,放了过程中用到的mdp文本文件:
1.首先利用packmol产生6*6*6大小的盒子,总分子数为900;
2.在nvt系综下分别跑eq和prod为10ns和20ns,对得到的eq.gro盒子利用editconf进行了扩充,盒子设置为6*6*17的大小,上下各有5.5nm的真空层(因为是互溶的混合溶液,所以仿照sob老师在例子里做的纯水体系,不知道这样是否可行),得到edr文件后,利用Pres-XX,Pres-YY,Pres-ZZ,代入sob老师在纯水体系下的那个公式中得到了每一帧表面张力的值,再取了平均,结果就为负值了
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麻烦老师们帮我看看是哪里出了问题,谢谢大家






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