计算化学公社

标题: 为啥7950X带两块4090功耗不一致 [打印本页]

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Author: xero 时间: 2024-3-26 17:27
标题: 为啥7950X带两块4090功耗不一致
求助！！组里新组了一台AMD 7950X+两块七彩虹4090，主板用的华硕的X670E，在BIOS里看两个PCIE已经分成了X8X8，但是两块4090在跑gromacs任务时两个功耗明显不一致，具体见下图。
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系统是Ubuntu22.04, gromacs版本是2023.2 GPU版本。我做的体系大小大概40w原子，蛋白质解折叠模型。步长2 fs，共1.5e7步（30 ns）。两个显卡对应的命令在上图。
nvitop和s-tui显示功耗低的显卡对应的CPU线程使用率达不到100%（大概在80%左右）。

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重新装过好几次驱动，也重装过gromacs，效果也没多大变化。两个4090计算的表现一个在128 ns/day左右，另一个最多只有30 ns/day。
怀疑是电源的问题，因为老板图省钱就只买了1250W的长城80PLUS

感觉一点冗余也没有hhh
但是更奇怪的是，当拆掉另一块显卡，只保留一块4090时计算的功耗也非常低，4090换到其他CPU又是正常的。
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也怀疑过是PCIE槽or主板的问题，于是把4090换成了3080Ti，发现3080Ti居然可以用到几乎满功耗

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看了之前公社里的帖子有同样4090与7950X在win10的gromacs跑不满功耗低的类似问题（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=4090），但没看到后续，也不知道我这台机器在Ubuntu下和熵神说的CPU affinity有没有什么关系

求大佬帮助！

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2024-3-26 17:41
nvidia-smi -q -i 0|grep PCIe -A 8

贴输出

作者
Author: xero 时间: 2024-3-26 18:16
本帖最后由 xero 于 2024-3-26 18:24 编辑

输出在这里

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2024-3-26 19:03

xero 发表于 2024-3-26 18:16
输出在这里

问题一目了然，GPU0和CPU的连接只有PCIe Gen1 x8。进入主板BIOS将PCIe强制设置为gen4即可，也可升级BIOS查看问题是否解决。

其他方面：1. GMX2023.4早已发布，不建议用大版本的早期patch做生产模拟；2. 对于当前硬件配置和模拟体系，尝试在mdrun命令中添加-bonded gpu观察是否更快。

作者
Author: xero 时间: 2024-3-26 20:03
本帖最后由 xero 于 2024-3-26 20:08 编辑

Entropy.S.I 发表于 2024-3-26 19:03
问题一目了然，GPU0和CPU的连接只有PCIe Gen1 x8。进入主板BIOS将PCIe强制设置为gen4即可，也可升级BIOS ...

主板设置这样应该没错吧？
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作者
Author: xero 时间: 2024-3-26 20:03

Entropy.S.I 发表于 2024-3-26 19:03
问题一目了然，GPU0和CPU的连接只有PCIe Gen1 x8。进入主板BIOS将PCIe强制设置为gen4即可，也可升级BIOS ...

谢谢熵神，把bios更新到最新版本调节PCIe到gen4就可以成功使用两块4090了

加上-bonded gpu好像也没特别明显提升，最快也还在128 ns/day左右，后续再换成更新一点的gromacs
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顺带再问一下，调节的时候PCIe链路速度显示有gen5是否要使用呢？虽然我这显卡应该是只支持gen4

作者
Author: xero 时间: 2024-3-26 20:12
另外还想问一下，1250W的电源对于两块4090是不是太吃力了，是否需要更换到1600W以上呢？

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