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标题: Gromacs结果可视化分析出现部分氨基酸和小分子异常漂移是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: liuweb 时间: 2024-3-26 21:56
标题: Gromacs结果可视化分析出现部分氨基酸和小分子异常漂移是什么原因？
如题，新手刚开始做Gromacs，跟着教程做完之后，用生成的MD.tpr文件和MD.xtc文件在Chimera中进行可视化分析。为了便于观察小分子和蛋白的100ns内的结合状态，离子和水分子已经被我删去。在chimera的MD movie模块运行之后发现前10ns内小分子跟蛋白无异常变化，但是，10ns之后蛋白上部分氨基酸发生严重漂移，之后小分子上的原子也开始发生异常漂移。想问一下各位，这种情况是正常的吗？还是因为力场选择的原因或者中间过程处理的问题？本次处理蛋白所用力场为charmm27；小分子所用拓扑文件为sobtop生成的，力场为GAFF，生成步骤参考“产生苯甲酸甲指的拓扑文件”。跪请大佬指点一下

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-27 00:39
用VMD看轨迹

作者
Author: a1207732382 时间: 2024-6-11 09:49

sobereva 发表于 2024-3-27 00:39
用VMD看轨迹

社长，我也是新手，也遇到这个问题，请问下看了轨迹之后应该怎么做？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-12 02:57

a1207732382 发表于 2024-6-11 09:49
社长，我也是新手，也遇到这个问题，请问下看了轨迹之后应该怎么做？

把问题描述具体，什么程序怎么看的、看到的是什么样

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