计算化学公社

标题: 求助：gmx msd指令如何修改每多少ps输出一次数据 [打印本页]

作者
Author: yixiansheng 时间: 2024-3-27 13:08
标题: 求助：gmx msd指令如何修改每多少ps输出一次数据
gmx msd -f pull.xtc -s pull.tpr -n index.ndx -o msd.xvg -trestart 10
体系一共跑了15ns，想修改msd每10/20ps输出一次数据，但是.xvg文件使用-trestart 10没有效果。仍然为每5ps输出一次。
想问一下给gmx中使用什么指令可以进行修改。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-28 01:14
用awk让msd.xvg隔一行或多行输出一次就完了

作者
Author: yixiansheng 时间: 2024-3-28 14:17

sobereva 发表于 2024-3-28 01:14
用awk让msd.xvg隔一行或多行输出一次就完了

谢谢sob老师，我用trjconv把xtc文件改成10ps、20ps输出一次。然后用msd作图，发现5ps和10、20ps的值完全不一样。体系一共15ns。是氧化石墨烯离子分离的。计算的是离子

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-28 20:48

yixiansheng 发表于 2024-3-28 14:17
谢谢sob老师，我用trjconv把xtc文件改成10ps、20ps输出一次。然后用msd作图，发现5ps和10、20ps的值完全 ...

明显不能这么改
搞清楚gmx msd的计算原理，它会对所有时间跨度取平均，你这样做影响的不仅仅是输出时间间隔，还影响msd本身的结果（导致可采样的时间跨度样本数减少，会令统计精度劣化）

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的msd计算示意图：

(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: yixiansheng 时间: 2024-3-31 13:55

sobereva 发表于 2024-3-28 20:48
明显不能这么改
搞清楚gmx msd的计算原理，它会对所有时间跨度取平均，你这样做影响的不仅仅是输出时间 ...

谢谢sob老师，明白了

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