计算化学公社

标题: 想要以(0,0,0)，半径2埃的球面做静电势着色图，应该如何操作？ [打印本页]

作者
Author: ppgg 时间: 2024-3-27 14:57
标题: 想要以(0,0,0)，半径2埃的球面做静电势着色图，应该如何操作？
在使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中，静电势着色面为分子的范德华面。如果我想要以(0,0,0)，半径2埃的球面做静电势着色图，应该如何操作。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-28 00:33
参考Multiwfn手册2.7节并修改Multiwfn源代码，自定义一个新的user-defined function，令此函数对应中心在原点的二次函数。重新编译Multiwfn后，用主功能5计算这个函数的格点数据，并套用静电势cub文件的格点设置，得到其cub文件。在VMD绘制时，先载入这个cub文件，然后把静电势cub文件载入同一个ID里。用isosurface方式显示自定义的函数，isovalue设成正好令其r=2位置对应的二次函数值，然后coloring method设成volume，并选择静电势对应的那个格点数据。

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