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标题: 求助：做小分子二元体系能量极小化时分子散架 [打印本页]

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Author: 百里荆途 时间: 2024-3-27 18:32
标题: 求助：做小分子二元体系能量极小化时分子散架
打扰各位老师！刚接触gromacs的新手请教一个问题：在做三氯甲烷和四氢吡喃二元体系的能量极小化时，在VMD中发现大量散布显示的原子，应该是三氯甲烷结构散架了，如图所示。盒子内部和周边都能看到散原子。能量极小化本身是成功了的。请问为什么会出现这种情况？该怎么解决呢？附件中是使用到的分子结构及力场等文件，与能量极小化完成后的输出文件

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Author: sobereva 时间: 2024-3-28 01:32
当前明明用的是基于GAFF的拓扑文件，干嘛引KBFF的forcefield.itp，显然应当引跟GAFF兼容的AMBER力场目录下的forcefield.itp

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Author: 百里荆途 时间: 2024-3-28 22:14

sobereva 发表于 2024-3-28 01:32
当前明明用的是基于GAFF的拓扑文件，干嘛引KBFF的forcefield.itp，显然应当引跟GAFF兼容的AMBER力场目录下 ...

sob老师，我换了amber03里的forcefield.itp和ffbonded.itp、ffnonbonded.itp重新计算，但情况并没有变化。附件里是使用到的力场文件，请问这要怎么解决呢？

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Author: Frozen-Penguin 时间: 2024-3-28 23:34

百里荆途发表于 2024-3-28 22:14
sob老师，我换了amber03里的forcefield.itp和ffbonded.itp、ffnonbonded.itp重新计算，但情 ...

C-Cl键的长度较长，VMD判断成键时可能会误判，造成显示错误。

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Author: 百里荆途 时间: 2024-3-30 19:50

Frozen-Penguin 发表于 2024-3-28 23:34
C-Cl键的长度较长，VMD判断成键时可能会误判，造成显示错误。

原来如此，谢谢frozen老师！

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