计算化学公社

标题: Gaussian寻找自由基与氮气反应过渡态求助 [打印本页]

作者
Author: Dyyyzz 时间: 2024-3-28 09:45
标题: Gaussian寻找自由基与氮气反应过渡态求助
各位老师好，最近在做一些小分子自由基（包括OH自由基、OOH自由基、乙酸自由基等）与氮气的反应，目的是想要比较不同自由基与氮气反应的难易。使用Gaussian找自由基与氮气反应的过渡态，试过了b3lyp、m062x、pbe0等方法（均加了色散矫正）以及pople和def系列基组的多种组合，但仍然没能找到一个过渡态，报错提示一直都是几何优化不收敛（L9999），查看能量趋势以震荡居多。从sob老师的帖子（量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法 http://sobereva.com/164）中尝试了提到的几种方法，仍然没解决问题。试过柔性扫描，显示自由基与氮气的距离越大能量越低，是单调递减的状态。不知此类反应有没有过渡态，或者对此类体系的计算有什么建议，感谢指导！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-28 13:55
先把反应产物对应的极小点优化出来再说，这如果都优化不出来，找过渡态都是徒劳

毫无必要测试不同基组，这么小体系的优化用def2-TZVPP妥妥的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-28 16:46
如果你的柔性扫描范围足够大，那么你目前的结果就足以确定没有过渡态了
纯有机体系和氮气反应基本上需要至少两个活泼的轨道同时参与才行，例如单重态CH2卡宾可以，但CH3自由基就很困难

作者
Author: Dyyyzz 时间: 2024-4-1 09:40

wzkchem5 发表于 2024-3-28 16:46
如果你的柔性扫描范围足够大，那么你目前的结果就足以确定没有过渡态了
纯有机体系和氮气反应基本上需要至 ...

感谢回答。请问如果没有过渡态的话怎么来比较自由基与氮气反应的难易呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-4-1 16:42

Dyyyzz 发表于 2024-4-1 02:40
感谢回答。请问如果没有过渡态的话怎么来比较自由基与氮气反应的难易呢？

比较粗糙的方法是，没有过渡态且deltaG>0的反应，认为活化自由能等于deltaG；没有过渡态且deltaG<0的反应，认为活化自由能等于0
更可靠一些的方法是Baik法，可以在这个论坛上搜Baik
再靠谱一些的方法是VRC-TST，也叫VRC-VTST，同理在这个论坛上自己搜

作者
Author: goodgood 时间: 2025-5-15 16:25
楼主，请问你找到过渡态了吗

作者
Author: goodgood 时间: 2025-5-15 16:30

sobereva 发表于 2024-3-28 13:55
先把反应产物对应的极小点优化出来再说，这如果都优化不出来，找过渡态都是徒劳

毫无必要测试不同基组， ...

sob老师，你说的反应产物对应的极小点是指，两个反应产物放在一起进行优化，还是分别优化两个反应产物啊

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-16 04:06

goodgood 发表于 2025-5-15 16:30
sob老师，你说的反应产物对应的极小点是指，两个反应产物放在一起进行优化，还是分别优化两个反应产物啊

反应复合物，显然是放在一起优化的

作者
Author: Dyyyzz 时间: 2025-5-16 12:55

goodgood 发表于 2025-5-15 16:25
楼主，请问你找到过渡态了吗

基态下应该是没有过渡态的。

作者
Author: goodgood 时间: 2025-5-16 17:02
楼主，你这篇文章发表了吗？可以发下链接，我学习一下吗？我自己没有搜到

作者
Author: Dyyyzz 时间: 2025-5-17 17:58

goodgood 发表于 2025-5-16 17:02
楼主，你这篇文章发表了吗？可以发下链接，我学习一下吗？我自己没有搜到

还没有。。…。

作者
Author: goodgood 时间: 2025-5-20 10:05

sobereva 发表于 2024-3-28 13:55
先把反应产物对应的极小点优化出来再说，这如果都优化不出来，找过渡态都是徒劳

毫无必要测试不同基组， ...

sob老师，请问这种产物复合物应该如何建模呢？我看别的帖子都是说跑IRC，取IRC的两端进行优化就能得到产物复合物，但是这个找不到过渡态，只能自己建模。我不知道该怎么建模，自己试着摆了几个位置都优化失败了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-21 04:08

goodgood 发表于 2025-5-20 10:05
sob老师，请问这种产物复合物应该如何建模呢？我看别的帖子都是说跑IRC，取IRC的两端进行优化就能得到产 ...

终究你得找到过渡态

只是凭感觉（以期望的朝向、位置作为初猜结构）优化一个产物复合物结构，往往没法确保那是过渡态直接连通的复合物结构

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