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标题: 如何使用python脚本将添加吸附物的结构生成.arc文件？ [打印本页]

作者
Author: 915936476 时间: 2024-3-28 18:02
标题: 如何使用python脚本将添加吸附物的结构生成.arc文件？
您好，请问有没有方法或者python包可以使用python脚本将结构生成.arc文件？
想实现一个python的批量数据处理生成的脚本，谢谢大家！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-3-28 18:43
用ase，比如你的结构是一堆cif：
可以ase convert XXX.cif -o dmol-arc XXX.arc，当然批量的话可以用linux shell或者windows batch对命令嵌套，或者也可用ase.io的api来编写python脚本。

作者
Author: 915936476 时间: 2024-3-28 21:15

卡开发发发表于 2024-3-28 18:43
用ase，比如你的结构是一堆cif：
可以ase convert XXX.cif -o dmol-arc XXX.arc，当然批量的话可以用linux ...

您好，感谢您的帮助，但是我用ase.io.write()保存文件时，他的format不支持arc，请问有什么方法解决嘛？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-3-29 09:19

915936476 发表于 2024-3-28 21:15
您好，感谢您的帮助，但是我用ase.io.write()保存文件时，他的format不支持arc，请问有什么方法解决嘛？

write函数里面需要增加一个参数write(...,format='dmol-arc')。

作者
Author: 915936476 时间: 2024-3-29 16:26

卡开发发发表于 2024-3-29 09:19
write函数里面需要增加一个参数write(...,format='dmol-arc')。

非常感谢您的帮助，问题解决了

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