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标题: 使用GROMACS模拟溶液中溶质分子的聚集现象问题的求助 [打印本页]
作者Author: jiaqi 时间: 2024-3-28 21:30
标题: 使用GROMACS模拟溶液中溶质分子的聚集现象问题的求助
各位老师好,本人刚开始学习Gromacs,目标是想要利用Gromacs来模拟溶液中溶质分子聚集的过程。但是模拟出来的结果有点迷茫,想请各位老师指点迷津:
工作流程及细节:
(1)溶质分子拓扑文件的构建(使用Sobtop创建溶质的GROMACS的拓扑文件,电荷:RESP2(0.5)。力场:amber99sb)
(2)溶质+溶剂+反溶剂盒子的构建(溶质溶于甲醇,不溶于水,所以盒子里面放了15个溶质,50个甲醇分子,3235个水分子。确保V(甲醇):V(水)=1:96)
(3)分子动力学模拟溶质在两种溶剂中的聚集:
能量最小化也达到了最低的能量;
npt平衡相,这里模拟了2ns,步长为2fs,共1000,000步,Tcoupl= V-rescale,Pcoupl = Berendsen,势能(图1)压力(图2)温度(图3)和密度(图4)这个分子动力学模拟应该算是达到了平衡;
npt产生相,这里模拟了10ns,步长为1fs,共10,000,000步,之后又续跑了20ns且续写入源文件。Tcoupl = V-rescale,Pcoupl = Berendsen(这里没有用PR压浴是因为若使用PR中途就奔溃了,试了很多方法也依旧跑不下去就用了Berendsen)。
(4)溶质分子聚集过程的能量分析
从MD轨迹中提取溶质分子团簇的轨迹,使用gmx的能量分析模块,提取溶质分子团簇势能信息。若是溶质分子聚集后,其团簇的势能应该降低,但是我最终的势能如图5,开始有下降的趋势,到了后期感觉势能又上升了。图6是npt产生相的第一帧,在300多帧的时候(图7)感觉算是聚集了,但是随着时间的增加,即30ns后(最后一帧)发现盒子的四端都有。图9为水和溶质之间的径向分布函数,图10为溶质和溶质之间的径向分布函数。
问题如下:
(1)请问这种情况算是溶质聚集了吗?
(2)如图5所示,势能在后期未下降,是不是与后期溶质分散在盒子四周有关?
(3)请问两个径向分布函数正确吗?
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作者Author: sobereva 时间: 2024-3-29 03:01
图7显然是聚集了
你可以用gmx clustsize命令专门对溶质的组进行统计,从簇的数目变化、最大簇包含的分子数变化上就能考察聚集过程
图8看起来分散是因为跨盒子了。VMD里要求把周期镜像显示出来就显得完整了
只要模拟的轨迹是正确的,算出来的rdf就没有什么正确与否,什么设置就得到什么样的rdf,完全up to you
作者Author: jiaqi 时间: 2024-3-29 14:35
非常感谢sob老师
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