计算化学公社

标题: 使用Multiwfn软件直接载入ORCA输出的gbw文件的问题 [打印本页]

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-29 19:17
标题: 使用Multiwfn软件直接载入ORCA输出的gbw文件的问题
本帖最后由 ligninpyrolysis 于 2024-3-29 19:23 编辑

我是用课题组集群中的ORCA计算了一个结构的单点能，输出文件有gbw文件，现在想将gbw文件转化为molden文件，再使用Multiwfn软件进行波函数分析
我根据教程将Multiwfn目录里的settings.ini里的orca_2mklpath参数设置成了我电脑里orca_2mkl可执行的实际路径，但是使用Multiwfn直接载入gbw的时候报错了，想问下各位老师，是什么问题呢？
如图所示：
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-29 20:24
linux上算完的gbw用windows版ORCA转可能不行，实际试试便知。Linux机子上转完了再载入到windows版Multiwfn里

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-29 20:51

sobereva 发表于 2024-3-29 20:24
linux上算完的gbw用windows版ORCA转可能不行，实际试试便知。Linux机子上转完了再载入到windows版Multiwfn ...

大概明白了，我先试试，谢谢sob老师

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-30 13:24

sobereva 发表于 2024-3-29 20:24
linux上算完的gbw用windows版ORCA转可能不行，实际试试便知。Linux机子上转完了再载入到windows版Multiwfn ...

sob老师，我在课题组集群的orca安装文件夹里找到了orca_2mkl程序，这个要怎么操作能把之前生成的gbw文件转化为molden文件呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-3-30 14:37

ligninpyrolysis 发表于 2024-3-30 13:24
sob老师，我在课题组集群的orca安装文件夹里找到了orca_2mkl程序，这个要怎么操作能把之前生成的gbw文件 ...

假设有h2o.gbw，则运行orca_2mkl h2o -molden。注意ORCA版本要统一，最好不要混用orca_2mkl。

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-30 17:03

zjxitcc 发表于 2024-3-30 14:37
假设有h2o.gbw，则运行orca_2mkl h2o -molden。注意ORCA版本要统一，最好不要混用orca_2mkl。

老师，我是小白，有两个问题，1 这行代码orca_2mkl h2o -molden是在哪里输入运行呢？2 软件是在集群里，我试了一下，集群的安装路径里面放不进去文件，就是gbw放不进去

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-3-30 17:07

ligninpyrolysis 发表于 2024-3-30 17:03
老师，我是小白，有两个问题，1 这行代码orca_2mkl h2o -molden是在哪里输入运行呢？2 软件是在集群里， ...

在命令行终端里运行。可以在登录节点运行，也可以在计算节点运行。看不懂什么叫“gbw放不进去”

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-30 17:20

zjxitcc 发表于 2024-3-30 17:07
在命令行终端里运行。可以在登录节点运行，也可以在计算节点运行。看不懂什么叫“gbw放不进去”

就是gbw文件不是应该放在orca_2mkl程序的文件夹里吗，这样运行后可以自行导入gbw文件进行转换

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-3-30 19:18
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-3-30 20:27 编辑

ligninpyrolysis 发表于 2024-3-30 17:20
就是gbw文件不是应该放在orca_2mkl程序的文件夹里吗，这样运行后可以自行导入gbw文件进行转换

当然不是，也不需要。类似地，这里举两个例子
（1）g16 h2o.gjf，这个g16可执行程序与h2o.gjf可以位于不同的路径，即不同的文件夹中。
（2）orca h2o.inp >h2o.out，这个orca可执行程序与h2o.inp可以位于不同的路径。
如果你一定要在同一个目录下才能运行，说明你没写程序的环境变量，或者环境变量写错了。在正确的环境变量下，你在任何一个路径下都可使用orca_2mkl命令，可以到任何一个文件夹下去转化gbw文件，不必把每个gbw文件复制到orca_2mkl文件夹下操作。也可以由某个程序在任意路径下调用orca_2mkl。

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-30 19:53

zjxitcc 发表于 2024-3-30 19:18
当然不是，也不需要。类似地，这里举两个例子
（1）g16 h2o.gjf，这个g16可执行程序与h2o.gjf可以位于不 ...

非常感谢老师的耐心回复，我再试试

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-30 20:21

zjxitcc 发表于 2024-3-30 17:07
在命令行终端里运行。可以在登录节点运行，也可以在计算节点运行。看不懂什么叫“gbw放不进去”

老师，我在课题组集群里输入代码后出现这样的情况，这是为啥呢？

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作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-3-30 20:27

ligninpyrolysis 发表于 2024-3-30 20:21
老师，我在课题组集群里输入代码后出现这样的情况，这是为啥呢？

还是那句话，说明你没写ORCA程序的环境变量，或者环境变量写错了

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-30 22:39

zjxitcc 发表于 2024-3-30 20:27
还是那句话，说明你没写ORCA程序的环境变量，或者环境变量写错了

好的老师，集群里的软件不好改参数之类的，我自己安装一个虚拟机装个orca弄吧

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-3-30 22:43

ligninpyrolysis 发表于 2024-3-30 22:39
好的老师，集群里的软件不好改参数之类的，我自己安装一个虚拟机装个orca弄吧

非也。改一下~/.bashrc文件中ORCA环境变量的事，别把事情复杂化了。

作者
Author: KSeGaSn 时间: 2024-3-30 22:43
不过实际上我经常混用orca_2mkl，在超算上转win的gbw文件，也在本地转超算linux的gbw文件，得到的molden文件至少在Multiwfn上使用没什么问题。

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-31 00:15

zjxitcc 发表于 2024-3-30 22:43
非也。改一下~/.bashrc文件中ORCA环境变量的事，别把事情复杂化了。

老师，集群是通过pbs脚本提交作业的，通过vi ~/.bashrc修改环境变量还是否有用呢？

作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-31 03:42
本帖最后由 ligninpyrolysis 于 2024-3-31 03:46 编辑

zjxitcc 发表于 2024-3-30 22:43
非也。改一下~/.bashrc文件中ORCA环境变量的事，别把事情复杂化了。

老师，我在虚拟机里下载好了orca，但是还是不行。下图分别是转化失败、环境参数和安装目录，orca_2mkl就在那个里面，怎么提示没有文件呢

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作者
Author: ligninpyrolysis 时间: 2024-3-31 12:59

zjxitcc 发表于 2024-3-30 22:43
非也。改一下~/.bashrc文件中ORCA环境变量的事，别把事情复杂化了。

老师，上面我的回复都不用看了，我整了一晚上和一上午，终于弄好了，正常导出molden文件了，我真的哭了，过程很艰辛，但整明白的时候真的开心

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