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标题: MD中什么物理量能够说明离子与溶剂化层中水分子的相互作用强度 [打印本页]

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-3-30 15:20
标题: MD中什么物理量能够说明离子与溶剂化层中水分子的相互作用强度
各位老师，目前我在研究离子的溶剂化结构。请问MD中什么物理量能够较为准确地定量说明离子与溶剂化层中水分子的相互作用强度？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-30 16:32
算离子-水的rdf，折算成PMF曲线，得到解离自由能垒

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里模拟熔盐的例子的一页ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-4-8 11:11

sobereva 发表于 2024-3-30 16:32
算离子-水的rdf，折算成PMF曲线，得到解离自由能垒

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www. ...

请问老师，这里有必要使用AIMD获得RDF曲线吗？还是用gmx跑MD获得RDF就行？谢谢老师的解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-9 10:16

lucky1999 发表于 2024-4-8 11:11
请问老师，这里有必要使用AIMD获得RDF曲线吗？还是用gmx跑MD获得RDF就行？谢谢老师的解答。

看具体体系和模拟调节，如果相应情况有合适的GROMACS支持的形式的力场，肯定首选GROMACS，计算代价比跑AIMD低太多了，AIMD可能跑一个礼拜而gmx一个小时以内就跑完了

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