计算化学公社

标题: Ca修饰石墨烯二维材料计算氢气分子吸附问题 [打印本页]

作者
Author: traum525 时间: 2024-3-30 16:01
标题: Ca修饰石墨烯二维材料计算氢气分子吸附问题
本帖最后由 traum525 于 2024-3-30 16:50 编辑

我建立了Ca修饰石墨烯二维材料，c晶格常数20A的模型，想做氢气分子吸附，流程是这样的
1优化Mg修饰下石墨烯体系结构
2扔进了两个氢原子，距离0.7A，做分子动力学分析
但是分析的时候发现，两个氢原子分开了，而且向上飞去，并没有被吸附，这正常吗。之前做一个氢原子的时候很快就被吸附了。

(, 下载次数 Times of downloads: 18)

&CONTROL
calculation = "md"
dt       =  2.06707e+01
max_seconds =  6.04800e+05
nstep    = 5000
pseudo_dir  = "/home/heiko/.burai/.pseudopot"
/

&SYSTEM
a          =  7.52000e+00
b          =  9.04000e+00
c          =  2.00000e+01
degauss    =  1.00000e-02
ecutrho    =  5.23088e+02
ecutwfc    =  5.81209e+01
ibrav    = 0
nat       = 27
ntyp       = 5
occupations = "smearing"
smearing = "gaussian"
/

&ELECTRONS
conv_thr       =  1.00000e-08
electron_maxstep = 200
mixing_beta    =  7.00000e-01
startingpot    = "atomic"
startingwfc    = "atomic+random"
/

&IONS
ion_dynamics = "verlet"
ion_temperature = "rescaling"
tempw          =  3.00000e+02
/

&CELL
cell_dofree = "2Dxy"
cell_dynamics = "pr"
press       =  0.00000e+00
/

K_POINTS {automatic}
3  3  1  0 0 0

CELL_PARAMETERS {angstrom}
  7.483260  -0.000049 0.000000
-0.000050 9.151489 0.000000
  0.000000 0.000000  20.000000

ATOMIC_SPECIES
C    12.01070  C.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
B    10.81100  B.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
N    14.00674  N.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
Mg    24.30500  Mg.pbe-spnl-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
H    1.00794  H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF

ATOMIC_POSITIONS {angstrom}
C    -0.000851 1.639219  10.038067
C    -0.000977 3.136403  10.025868
C    1.154396 0.807525  10.031207
C    2.548858 3.943006  10.032363
C    2.590863 0.739760  10.042800
C    1.132416 3.971821  10.011416
C    -0.001249 6.260670 9.972672
C    -0.001268 7.687732 9.983489
C    1.151234 5.464928 9.983186
C    2.571876 8.414823  10.012694
C    2.579830 5.409547 9.996937
C    1.143377 8.477191  10.002919
C    3.740303 1.528910  10.077992
B    3.739830 3.053398  10.046261
C    4.890287 0.739623  10.043377
C    6.349016 3.971593  10.011814
C    6.326643 0.807226  10.031674
C    4.931839 3.942681  10.033292
N    3.740529 6.182071 9.990538
C    3.740555 7.622357  10.003593
C    4.901179 5.409183 9.996089
C    6.337457 8.477190  10.002838
C    6.329875 5.464429 9.983003
C    4.908669 8.414710  10.012491
Mg    3.783498 2.779892  12.487508
H    2.500000 2.770000  12.000000
H    2.500000 2.070000  12.000000

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-30 16:30
先做结构优化，看是否能优化出合理的结构
如果能，可能是相互作用本来就很弱（氢气分子色散作用非常弱）而温度又不是很低，这样动力学过程中H2自然而然就自发跑掉了

作者
Author: traum525 时间: 2024-3-30 16:50

sobereva 发表于 2024-3-30 16:30
先做结构优化，看是否能优化出合理的结构
如果能，可能是相互作用本来就很弱（氢气分子色散作用非常弱）而 ...

能给点建议吗我附上代码了

作者
Author: Firework 时间: 2024-12-17 09:58
请问楼主问题解决了吗？我在优化石墨烯负载铂纳米粒子模型的时候遇到了相同的问题。我把切好面的Pt111直接放在了石墨烯的表面去优化，结果优化之后Pt111离石墨烯片层越来越远了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)