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标题: mdp文件中，每隔多少时间输出一帧的问题？ [打印本页]

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Author: CHJ2841666311 时间: 2024-3-30 23:14
标题: mdp文件中，每隔多少时间输出一帧的问题？
请问各位老师，我的mdp文件是每50000步(100ps)输出一帧，与常规设置的间隔不同（看到的文献都不是如此），对比rmsd图就可以看出明显的差别。我认为输出间隔的差别并不会影响实际模拟结果，但是由于我经验实在浅薄，想向各位老师请教，确定这样是否会影响模拟结果？图一是mdp文件截图，图二是我的模拟结果，图三是文献的。另外，我还有一个疑惑，就是apo蛋白模拟出来的rmsd就应该是要比蛋白配体复合物模拟出来的rmsd的大吗？然后以此来说明，蛋白与配体结合之后，变得更加稳定了。先谢谢各位老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-30 23:43
图里面的曲线的含义完全没解释，根本没法回答

输出频率原理上不影响直接给出的结果，但会影响轨迹后处理分析的结果，诸如算rdf，采样帧数越多曲线越平滑。

如果口袋比较柔，和小分子结合是往往会令相应区域柔性减弱。可以算各个残基的RMSF，把两种状态的RMSF图放在一起对比，会比较清楚

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-3-31 10:05
1.谢谢sob老师回复。图二和图三是蛋白骨架的rmsd曲线，图二是我自己模拟的结果（去掉坐标，纠正周期性，以第一帧为基准，选择backbone做的rmsd图），我是要通过骨架的rmsd图看模拟过程是否收敛，然后发现了输出帧数的差别。
2.输出频率影响轨迹后处理分析这点，就是会给人模拟结果并不好的错觉。譬如得到的骨架rmsd结果,看起来不收敛。不过只要不影响实际模拟结果，就能说得过去。
3.sob老师，因为我现在apo 蛋白的骨架rmsd比蛋白配体复合物还要略低，那我做一下rmsf，只要关键几个氨基酸残基，柔性降低就可以。可以这样理解吗？

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