计算化学公社

标题: 如何将聚合物分子共价连接到蛋白酶上进行模拟？ [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-4-1 10:31
标题: 如何将聚合物分子共价连接到蛋白酶上进行模拟？
如题所示，已经将聚合物在真空中模拟蜷缩，如何将聚合物（PEG，共1500个原子）共价连接到蛋白酶的N端（pdb文件中残基编号为1的ASP）进行模拟？两个附件分别是蛋白酶的pdb和聚合物蜷缩后的gro文件

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-3 18:59
建模方面，用VMD载入两个结构文件，挪其中一个到差不多的位置，保存，然后手动合并结构文件

拓扑文件方面，pdb2gmx构建蛋白质拓扑文件，sobtop构建聚合物拓扑文件，然后利用[intermolecular_interactions]字段给两部分之间增加恰当的bond、angle、dihedral项（如果不清楚用什么参数合适，可以把连接区域抠一部分，用sobtop产生基于GAFF的参数，然后挪用进去）

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-4-6 08:38
本帖最后由 YuniJ 于 2024-4-6 23:25 编辑

sobereva 发表于 2024-4-3 18:59
建模方面，用VMD载入两个结构文件，挪其中一个到差不多的位置，保存，然后手动合并结构文件

拓扑文件方 ...

老师打扰您了，我手动合并结构文件后，此时peg末端的C原子和oph中1号残基ASP中的N原子（需要共价连接的两个原子）还没有结合（即游离状态）。我把N原子和C原子单独抠出来，用sobtop产生基于GAFF的参数，但是生成的拓扑文件没有bonds等相关信息，这种情况应该怎么解决呢?谢谢老师

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-4-6 21:45
本帖最后由 YuniJ 于 2024-4-6 23:26 编辑

sobereva 发表于 2024-4-3 18:59
建模方面，用VMD载入两个结构文件，挪其中一个到差不多的位置，保存，然后手动合并结构文件

拓扑文件方 ...

请问老师我可以从哪里找到关于此类操作的相关文献呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-7 05:13

YuniJ 发表于 2024-4-6 08:38
老师打扰您了，我手动合并结构文件后，此时peg末端的C原子和oph中1号残基ASP中的N原子（需要共价连接的两 ...

显然要抠出一部分，边界进行饱和，构成一个像样的分子，让连接区域的结构处在这个模型体系的中间区域，而不是光抠出来两个原子，这样根本什么都不是

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-4-7 09:48

sobereva 发表于 2024-4-7 05:13
显然要抠出一部分，边界进行饱和，构成一个像样的分子，让连接区域的结构处在这个模型体系的中间区域，而 ...

好的谢谢老师，我按照您的提示成功生成了bond等信息，我想请问一下我需要更改这里面的原子序号吗？就是扣出连接区域后添加了氢原子，我又把添加的氢原子增加到了原结构文件里。那么利用[intermolecular_interactions]字段时，我是需要把bonds等字段中的原子序号更改为原gro文件里面的原子序号吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-8 02:36

YuniJ 发表于 2024-4-7 09:48
好的谢谢老师，我按照您的提示成功生成了bond等信息，我想请问一下我需要更改这里面的原子序号吗？就是扣 ...

[intermolecular_interactions]字段用的序号是全局序号，即和结构文件里的序号对应

簇模型仅仅是为了帮助你确定连接的地方用什么成键相关的参数合适，簇模型的原子和你实际要计算的模型序号没有对应关系

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-4-9 08:06

sobereva 发表于 2024-4-8 02:36
字段用的序号是全局序号，即和结构文件里的序号对应

簇模型仅仅是为了帮助你确定连接的地方用什么成键 ...

好的谢谢老师，那请问老师我是先共价连接然后把聚合物+蛋白酶体系放到真空中模拟然后位置限制蛋白质进行聚合物的蜷缩呢还是先单独真空蜷缩聚合物呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-9 10:11

YuniJ 发表于 2024-4-9 08:06
好的谢谢老师，那请问老师我是先共价连接然后把聚合物+蛋白酶体系放到真空中模拟然后位置限制蛋白质进行 ...

都可以。但如果你有明确的要结合的位点，先放到真空里蜷缩，有可能就缩到里面去了，不好再接上

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-4-9 11:12

sobereva 发表于 2024-4-9 10:11
都可以。但如果你有明确的要结合的位点，先放到真空里蜷缩，有可能就缩到里面去了，不好再接上

谢谢老师，老师不好意思，我做完以上操作把peg+蛋白酶放到真空中能量最小化后聚合物远离了蛋白酶，如图所示，在能量最小化过程中我是限制了蛋白酶的位置。这种情况是为什么呢？请问该怎么解决了。谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-9 11:15

YuniJ 发表于 2024-4-9 11:12
谢谢老师，老师不好意思，我做完以上操作把peg+蛋白酶放到真空中能量最小化后聚合物远离了蛋白酶，如图所 ...

如果考虑了周期性，把盒子显示出来弄清楚情况。并且观看优化轨迹

要么就只跑聚合物，先不管蛋白

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-4-9 11:54

sobereva 发表于 2024-4-9 11:15
如果考虑了周期性，把盒子显示出来弄清楚情况。并且观看优化轨迹

要么就只跑聚合物，先不管蛋白

好的老师，谢谢老师！

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