计算化学公社

标题: Gromacs模拟崩溃求助 [打印本页]

作者
Author: Free-standing 时间: 2024-4-1 10:43
标题: Gromacs模拟崩溃求助
在使用gromacs进行npt过程的模拟时出现了如下报错：

Fatal error:
1 particles communicated to PME rank 14 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.
在进行npt之前进行了em能量最小化处理，几乎把能试过的都试过了还是不行，希望大佬帮我看看

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作者
Author: Free-standing 时间: 2024-4-1 10:58
其中DFBOP的gro和itp文件都是使用http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex4中的第一种方法生成的

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-4-1 14:19
https://www.researchgate.net/pos ... ny_solution_to_this
你可以看看这个网址

作者
Author: Free-standing 时间: 2024-4-1 15:16

Lance先生发表于 2024-4-1 14:19
https://www.researchgate.net/post/Molecular_Dynamic_Simulation_error_in_GROMACS_version_20201_PME_ra ...

感谢！我之前根据这个网站都排查过了，还是没找到原因

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-3 19:01
按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的，由简到繁一点点排查

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-17 21:09
我也遇到了，然后排查还是解决不了

作者
Author: Free-standing 时间: 2024-7-8 18:29
最后发现是PF6的拓扑文件有错误，感谢大家！

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