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标题: lammps模拟过程中出现警告求大佬指教 [打印本页]

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Author: kino 时间: 2024-4-1 10:44
标题: lammps模拟过程中出现警告求大佬指教
1. OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:98) 这个会对模拟过程有影响吗
2. 另在log文件中出现了4次WARNING: Using a manybody potential with bonds/angles/dihedrals and special_bond exclusions (src/pair.cpp:242)，这个要怎么解决呢
3. 除此之外还想问：我目前正在学习lammps模拟水结冰的内容，但是各视频网站关于这方面很少，有大佬推荐一下学习网站吗；还有就是目前根据in文件和data文件已经算出了几个例子，下载了OVITO，怎么看例子是否成功了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-3 19:03
1 这个环境变量控制OpenMP并行时的进程数。我不用lammps，如果当前的并行完全是靠OpenMP实现的，当前情况相当于没并行计算，效率自然很低。运行export OMP_NUM_THREADS=N设N核并行

3 这种问题用GROMACS适合得多，速度远比lammps快得多得多，用户也远多于lammps，如果没有绝对必要非得用lammps，那么强烈建议改用和改学GROMACS。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里就有现成的模拟水结冰的例子，内容介绍里写了：

之后专门介绍冰的模拟，包括冰的结构构建方法、用VMD展现氢键分布方法、升温对冰的状态影响的考察、结冰过程的模拟等，顺便介绍强大的生成冰结构的程序genice2的使用方法。顺便通过冰晶胞的强制伸展过程的动力学模拟、冰的剪切过程的动力学模拟来演示deform功能的使用和意义。

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: ZZH0711 时间: 2025-1-7 23:18
请问问题解决了吗？我想问一下，使用lammps模拟水结冰，nvt弛豫后，水分子生成有序六角冰晶的命令是什么？可以分享一下吗？谢谢。

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