计算化学公社

标题: 求助，能画出RDG图却没法在VMD得到对应等值面 [打印本页]

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作者
Author: wwy000416    时间: 2024-4-1 15:18
标题: 求助，能画出RDG图却没法在VMD得到对应等值面
分子是一个完平面的分子，一开始我以为是电子密度太大被屏蔽了，但将RDG_maxrho改成0后，VMD中仍无法正常得到等值面（也尝试过调大这个阈值，依然无法奏效）。使用IRI分析可以正常显示所有相互作用，但我的工作中并不需要分析键上的那种级别的相互作用，最终的图上的键上的等值面会影响到我的图。请问是哪里出了问题，有没有什么解决方案，比如我用RDG能否正常显示等值面，或者用IRI能否屏蔽键上的作用。求助，谢谢各位老师了。

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-4-1 15:20
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

里面说了

如果你只希望IRI展现弱相互作用区域，而不想把成键区域也表现出来，可以在Multiwfn做完IRI分析后选择屏幕上的选项9 Screen out covalent bond regions (set IRI to 100 for regions with sign(lambda2)rho < -0.1 a.u.)（此选项在2024-Mar-29及以后更新的Multiwfn里才有），之后sign(λ2)ρ小于-0.1 a.u.的区域内的IRI值就会被设为一个很大的值100。这样做的理由是形成化学键的区域通常电子密度都较大，因而sign(λ2)ρ比-0.1 a.u.更负，此区域的IRI设成很大的值后再绘制等值面图时就看不到这块区域了。之后你再导出func1.cub和func2.cub、用IRIfill.vmd脚本作图，就会发现成键区域确实已经看不见了，对苯酚的例子如下所示

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作者
Author: wwy000416    时间: 2024-4-1 15:23

sobereva 发表于 2024-4-1 15:20
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com ...

好的，谢谢老师我尝试一下

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