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标题: gmx_MMPBSA的index.ndx文件问题求助 [打印本页]

作者
Author: 高小白123 时间: 2024-4-1 19:14
标题: gmx_MMPBSA的index.ndx文件问题求助
各位老师好！我在使用gmx_MMPBSA时遇到了一些问题。我的版本是gmx_MMPBSA v1.5.0.3
我在输入文件index.ndx中的分组是准备了ligand和receptor组的 (, 下载次数 Times of downloads: 14) 但是生成文件_GMXMMPBSA_COM_index.ndx里的组跟我的设置完全不一样 (, 下载次数 Times of downloads: 15)

我想要receptor的组是1和13，请问这种情况下应该怎么设置呢？
另外，我在官方教程上看到需要的准备文件包括很多结构文件 (, 下载次数 Times of downloads: 15) 这里的mol2文件是必须文件，且必须要用[color=rgba(0, 0, 0, 0.87)] [color=rgba(0, 0, 0, 0.87)]Antechamber[color=rgba(0, 0, 0, 0.87)] 输出，但是有gro或者pdb文件也必须要准备吗？

作者
Author: 高小白123 时间: 2024-4-17 03:35
自己回复自己，只要删除index中重复的组就可以了。

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