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标题: 模拟200ns蛋白配体复合物，设置较大步长后运行nvt预平衡时出现问题？ [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-4-1 20:22
标题: 模拟200ns蛋白配体复合物，设置较大步长后运行nvt预平衡时出现问题？
是这样，我想对蛋白配体复合物进行200ns模拟，不知道如何设置步数和步长？因为我设置较大步长后（比如20fs）运行gmx mdrun -v -deffnm nvt命令总是出现以下错误提示，想问一下大家该怎么办？
Fatal error:
47733 particles communicated to PME rank 2 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-1 21:03
如果是对全原子力场，20fs的步长也太大了吧。。。
如果用了constraints=h-bonds步长一般设2fs，如果不使用约束算法就只能设到1fs

作者
Author: 12313 时间: 2024-4-1 21:06

Seyilaxa 发表于 2024-4-1 21:03
如果是对全原子力场，20fs的步长也太大了吧。。。
如果用了constraints=h-bonds步长一般设2fs，如果不使用 ...

所以说如果要调整模拟时间，一般只是调整步数吗？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-1 21:06

12313 发表于 2024-4-1 21:06
所以说如果要调整模拟时间，一般只是调整步数吗？

是的

作者
Author: 12313 时间: 2024-4-1 21:22

Seyilaxa 发表于 2024-4-1 21:06
是的

可是要这样的话，模拟200ns花费的时间未免也太长了，难道就没有什么办法增加模拟步长吗？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-1 23:02
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-4-1 23:05 编辑

12313 发表于 2024-4-1 21:22
可是要这样的话，模拟200ns花费的时间未免也太长了，难道就没有什么办法增加模拟步长吗？

先看看能不能简化体系，实在没办法可以试试GROMOS之类的联合原子力场，或许能缩短一部分耗时（原理上来说精度会下降）。
可以看看这篇帖子3L的回复http://bbs.keinsci.com/thread-18605-1-1.html

PS.最简单的方法还是升级硬件

作者
Author: 12313 时间: 2024-4-2 09:59

Seyilaxa 发表于 2024-4-1 23:02
先看看能不能简化体系，实在没办法可以试试GROMOS之类的联合原子力场，或许能缩短一部分耗时（原理上来 ...

好的好的，谢谢你的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-3 18:49
属于常识性问题
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

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