计算化学公社

标题: 求助CP2K toolchain安装库出错 [打印本页]

作者
Author: orangesea 时间: 2024-4-3 10:43
标题: 求助CP2K toolchain安装库出错
在学校服务器上安装，跟着586文安装并提前下好了build离线安装

（已解决）问题一：以下为编译时运行的代码，没有调用GCC而调用了英特尔编译器

./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=system --with-plumed=install -j 16
MPI is detected and it appears to be Intel MPI
Compiling with 16 processes for target native.
Step gcc took 0.00 seconds.
==================== Finding Intel compiler from system paths ====================
ERROR: (./scripts/stage0/install_intel.sh) Cannot find icx, please check if the package intel is installed or in system search path

复制代码

添加--with-gcc=system --with-intel=no后成功解决
注意添加--with-gcc --with-intel=no写法错误，会尝试下载GCC并安装

（未解决）问题二：服务器里已经有Intel MPI，写了--with-openmpi=system，但提示找不到mpic++，应该怎么解决

./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=system --with-plumed=install --with-gcc=system --with-intel=no -j 16
MPI is detected and it appears to be Intel MPI
xxxxxxx---xxxxxxx
Step cmake took 2.00 seconds.
==================== Finding OpenMPI from system paths ====================
path to mpiexec is /home/apps/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mpi/intel64/bin/mpiexec
path to mpicc is /home/apps/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mpi/intel64/bin/mpicc
ERROR: (./scripts/stage1/install_openmpi.sh) Cannot find mpic++, please check if the package openmpi is installed or in system search path

复制代码

改成--with-openmpi=no，就提示The use of Intel MPI is only supported with the Intel compiler，是否必须用英特尔编译器来编译？

系统为CentOS release 6.6 (Final)
gcc (GCC) 8.2.1 20180905 (Red Hat 8.2.1-3)
GNU Fortran (GCC) 8.2.1 20180905 (Red Hat 8.2.1-3)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-4-3 12:30
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-3 12:42 编辑

这里面有两个问题：
（1）GNU/Intel编译器，这是指gcc/g++/gfortran与icc/icpc/ifort两类之间的选择。
（2）MPI编译器或者说MPI库，可以用诸如mpich, openmpi, Intel MPI中的任何一种，它们的可执行程序往往是mpicc, mpif90之类的MPI编译器。

这是两个不同的问题，不能混为一谈。比如我可以使用GNU编译openmpi，也可以使用Intel编译器编译openmpi，取决于我的目的和兴趣爱好。假设我现在编译MPI并行版CP2K，我要么用GNU编译器+GNU编译的openmpi，要么用Intel编译器+Intel编译的openmpi，要么用Intel编译器+Intel MPI，但我不会去用GNU编译器+Intel编译的openmpi（这大概率会造成不少报错，即使能编译程序可能也无法正确运行）。

了解了上述内容，现在说说你的问题。由于你没有指定Intel编译器，所以用的是GNU编译器，且“没有调用GCC而调用了英特尔编译器”、“是否必须用英特尔编译器来编译”这些说法都是不对的，存在错误指代。“MPI is detected and it appears to be Intel MPI”这个信息不是GNU/Intel编译器之争，而是openmpi没识别到，识别成了Intel MPI。

由于你写了--with-openmpi=system，你要解决的不是“找不到mpic++”，而是要确保机器上有openmpi，且openmpi是由GNU编译器编译的，不可以是Intel编译器编译的。如果机器上已经有openmpi，可以运行这四个命令检查路径是否正确
which mpirun
which mpif90
which mpicc
which mpicxx
如果连openmpi都没有，可以自己安装，也可以用集群上管理员安装好的（假设是在一个良好的集群上）。而要查看它们是由什么编译器编译的，需要进入上述目录，执行ldd mpirun查看其依赖库是GNU的还是Intel的。啰嗦了一堆，希望读者们能理清这里面的关系。

如果你觉得上述文字太长难以理解，直接看这两篇截然不同的编译教程，便可体会到差别
《离线安装CP2K-2022.2_Intel编译器版》
《给老爷机离线安装CP2K-2022.2的笔记》http://bbs.keinsci.com/thread-33603-1-1.html

作者
Author: logzzz 时间: 2024-4-3 13:11
楼上正解，你可用--with-openmpi=install 。

作者
Author: orangesea 时间: 2024-4-3 13:16

zjxitcc 发表于 2024-4-3 12:30
这里面有两个问题：
（1）GNU/Intel编译器，这是指gcc/g++/gfortran与icc/icpc/ifort两类之间的选择。
（ ...

老师您好，非常感谢您的解答，通过which命令检查后，四个程序都在以下目录home/apps/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mpi/intel64/bin/
执行ldd mpirun后提示not a dynamic executable，没有显示依赖GNU还是Intel

作者
Author: orangesea 时间: 2024-4-3 13:19

logzzz 发表于 2024-4-3 13:11
楼上正解，你可用--with-openmpi=install 。

感谢您的回答，我这里是服务器里有很多个node然后已经有用mpi算vasp，我怕--with-openmpi=instal后会和已经有的mpi发生冲突后果承担不起

作者
Author: logzzz 时间: 2024-4-3 13:23
本帖最后由 logzzz 于 2024-4-3 13:24 编辑

orangesea 发表于 2024-4-3 13:19
感谢您的回答，我这里是服务器里有很多个node然后已经有用mpi算vasp，我怕--with-openmpi=instal后会和已 ...

不会冲突。你这个主要问题是你在用GCC编译器编译这些。而不是intel。这个没有冲不冲突的问题。只是在于你运行程序调用哪个。另外，看起来，你只是在你自己账户下安装，跟不用担心会影响到其他人。。没有开root就不怕。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-4-3 15:32
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-3 15:34 编辑

orangesea 发表于 2024-4-3 13:16
老师您好，非常感谢您的解答，通过which命令检查后，四个程序都在以下目录home/apps/intel/compilers_and ...

这从路径就可以看出当前环境下MPI是Intel MPI，而非openmpi，压根用不着ldd查询。你有以下选择：
（1）保留--with-openmpi=system，用openmpi，自己用GNU（gcc/g++/gfortran）编译器编译一个openmpi，教程很多，我也写过《安装Open-MPI》。
（2）保留--with-openmpi=system，用openmpi，问问管理员有没有装好的你可以直接加载，注意gcc版本要匹配。
（3）放弃--with-openmpi=system，改用--with-openmpi=install，让工具链给你安装一个openmpi。
（4）放弃--with-openmpi=system，改用--with-intelmpi，这不推荐，因为你选择了用GNU（gcc/g++/gfortran）编译CP2K。

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