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标题: 我想将蛋白质与水凝胶结合观察蛋白质的结构变化，水凝胶的模型怎么获得，是自己建模吗 [打印本页]

作者
Author: huhuhu12 时间: 2024-4-3 18:57
标题: 我想将蛋白质与水凝胶结合观察蛋白质的结构变化，水凝胶的模型怎么获得，是自己建模吗
我想将蛋白质与水凝胶结合观察蛋白质的结构变化，水凝胶的模型怎么获得，是自己建模吗，还是有网站下载文件，刚入gromacs
，只做了溶菌酶的教程，只知道蛋白质的pdb怎么获得，不清楚凝胶的文件怎么获得

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Author: sobereva 时间: 2024-4-3 19:18
没有现成的文件
先明确凝胶的化学构成，再想办法建模

作者
Author: huhuhu12 时间: 2024-4-4 09:31
本帖最后由 huhuhu12 于 2024-4-4 09:57 编辑

sobereva 发表于 2024-4-3 19:18
没有现成的文件
先明确凝胶的化学构成，再想办法建模

凝胶的化学组成我有，那请问凝胶建模是用packmol吗，还是vmd

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-4 16:50

huhuhu12 发表于 2024-4-4 09:31
凝胶的化学组成我有，那请问凝胶建模是用packmol吗，还是vmd

没具体结构细节别人没法回答
光靠VMD显然不行，又不可能自己手动一个一个摆

作者
Author: sj12138 时间: 2025-10-10 11:07

sobereva 发表于 2024-4-3 19:18
没有现成的文件
先明确凝胶的化学构成，再想办法建模

sob老师，我想请教一下，如果已经有了水凝胶的pdb文件的话，应该如何获取他的itp文件呢？另外如果水凝胶体系比较大，是否推荐使用cgmd，如果是使用cgmd的话应该先将分子粗粒化在获得力场还是获得力场后在粗粒化呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-10 11:11

sj12138 发表于 2025-10-10 11:07
sob老师，我想请教一下，如果已经有了水凝胶的pdb文件的话，应该如何获取他的itp文件呢？另外如果水凝胶 ...

照常用sobtop生成其中每类分子的itp，然后include到主top里
以目前GPU加速的速度来说，即便很大的体系照样跑得动，轻易折腾粗粒化得不偿失

作者
Author: sj12138 时间: 2025-10-10 11:17

sobereva 发表于 2025-10-10 11:11
照常用sobtop生成其中每类分子的itp，然后include到主top里
以目前GPU加速的速度来说，即便很大的体系照 ...

好的，了解了谢谢sob老师。另外对于sobtop我还有一个疑问，就是我的体系里有一个水凝胶可能比较大，然后还有牛血清白蛋白和葡萄糖，如果水凝胶的itp可以按照您的方法，那牛血清白蛋白是否可以用sobtop生成对应的itp也inclued到里面呢？我之前只用sobtop生成过小分子，对于这种蛋白（一个蛋白分子大约一万个原子）体系没使用过sobtop。如果不可以用sobtop生成的话，那这个体系中水凝胶和蛋白质的top文件应该用什么方式生成比较合理呢？谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-10 19:52

sj12138 发表于 2025-10-10 11:17
好的，了解了谢谢sob老师。另外对于sobtop我还有一个疑问，就是我的体系里有一个水凝胶可能比较大，然后 ...

仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

作者
Author: sj12138 时间: 2025-10-10 20:25

sobereva 发表于 2025-10-10 19:52
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

好的，谢谢sob老师，我了解了。我想请问一下sob老师，如果我将蛋白质分子使用pdb2gmx生成的itp文件，sobtop生成的葡萄糖的itp文件还有使用sobtop生成的明胶的每类分子的itp文件inclued到top中，这种制作体系力场文件的方法是合理的吗？

作者
Author: tptp 时间: 2025-10-10 22:07

sj12138 发表于 2025-10-10 20:25
好的，谢谢sob老师，我了解了。我想请问一下sob老师，如果我将蛋白质分子使用pdb2gmx生成的itp文件，sobt ...

合理的，在gromacs中采用amber力场，sobtop中使用GAFF力场，两个力场是兼容的

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