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标题: Orca_5.0.3报错no orbitals were found in the gbw file解决过程记录，期望老师们指正 [打印本页]

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Author: The_only_oneZLY 时间: 2024-4-4 16:02
标题: Orca_5.0.3报错no orbitals were found in the gbw file解决过程记录，期望老师们指正
本帖最后由 The_only_oneZLY 于 2024-4-4 20:17 编辑

在参考sobereva老师的帖子“将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 14905&fromuid=27359”时，利用Gaussian09得到的收敛的轨道波函数并利用Multiwfn和orca_2mkl生成了包含轨道信息的gbw文件，并将其拷贝到了orca的计算目录下，但是进行orca计算的时候报了如下图所示的错误：
(, 下载次数 Times of downloads: 22)
在查看了帖子“ORCA计算过渡金属阳离子不收敛求助http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 20748&fromuid=27359”中的hdhxx123总结的ORCA-SCF.txt文件后，发现其中说了在%moinp "收敛的文件名.gbw"中，%moinp后的文件名应当与你想要让计算任务读取的gbw文件名一致！（注意不要与当前任务文件名重合，会让当前任务无法进行而报错！）。而我写的输入文件恰好犯了这个错误，猜测报错原因是因为orca在一开始计算时就会产生新的gbw文件，它把原有的同名的gbw文件覆盖了，而这个文件里是没有轨道信息的，因而出现gbw文件里找到轨道的情况。
(, 下载次数 Times of downloads: 15)

(, 下载次数 Times of downloads: 18)
接着我将要读取的gbw文件名前缀（即DyCH）改为和当前计算任务输入文件不同的名字，再修改输入文件里需要读取的gbw文件名：
(, 下载次数 Times of downloads: 16) (, 下载次数 Times of downloads: 21)
再次提交任务，从输出文件中可以看到gbw文件读取成功：
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-4-4 17:03
这是介绍成功经验，还是未解决问题来提问呢？最好能说明一下。另外，确实不需要%moinp和MOREAD关键词，只需要gbw与inp文件同名即可自动读入，但如果你非要整得复杂一些，找点报错给自己去解决，也是可以的。

作者
Author: The_only_oneZLY 时间: 2024-4-4 20:12
本帖最后由 The_only_oneZLY 于 2024-4-4 20:15 编辑

zjxitcc老师，您好，我是最近接触的orca，所以好多东西还不是很清楚，发这个贴子一方面是作为学习的记录，另一方面也是希望得到更多老师的指导，如果有更好的解决方法的话。就是按照您说的不写%moinp和moread关键词的方法，输入文件如下 (, 下载次数 Times of downloads: 14) ，
接着我将DyCH_gauss.gbw拷贝成了DyCH.gbw (, 下载次数 Times of downloads: 19) ，
然后提交任务。但是在计算的时候程序并没有读取DyCH.gbw文件，而是使用猜测的波函数，输出文件如下： (, 下载次数 Times of downloads: 18)

输入文件的前缀名和gbw文件前缀名也都是一样的，因此我也感到困惑

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-4-4 20:34

The_only_oneZLY 发表于 2024-4-4 20:12
zjxitcc老师，您好，我是最近接触的orca，所以好多东西还不是很清楚，发这个贴子一方面是作为学习的记录， ...

我看不懂你说的。大量信息都没展示：Gaussian用什么计算级别？具体什么关键词？与ORCA一致吗？你提交任务前.ges文件存在吗？如果提交失败了，再次提交前是否删了.ges文件呢？你展示的截图它是在.ges文件存在的情况下提交的吗？

目前我只能提几个建议，希望你不要犯这些错误：
（1）Gaussian->ORCA传轨道时，效果最好的办法是在两个量化软件里使用同样的计算级别（方法、基组、赝势等，包括标量相对论哈密顿DKH2）。尽管不同方法或基组的结果也能传，ORCA会将其投影到目标基组上，但这效果就大打折扣了，还不如用ORCA自己构造一个初猜来读取，完全没有必要用Gaussian获得初猜。尤其是在使用赝势基组的时候，不管用哪个软件，读取前后的赝势必须要严格一致，比如这样是极其糟糕的：Gaussian用SDD算，传给ORCA之后却用def2赝势，即使在同一个软件里也不能这么读取轨道。
（2）提交任务前记得清理残留文件，例如.ges和各种.tmp文件。

作者
Author: The_only_oneZLY 时间: 2024-4-4 21:17
本帖最后由 The_only_oneZLY 于 2024-4-4 21:25 编辑

zjxitcc 发表于 2024-4-4 20:34
我看不懂你说的。大量信息都没展示：Gaussian用什么计算级别？具体什么关键词？与ORCA一致吗？你提交任务 ...

非常感谢老师的建议，之前Gaussian计算时采用的赝势确实和orca使用的不一样，上面的任务主要是为了测试orca能不能读取.gbw文件。3楼中第二个截图展示的就是orca计算任务目录下所有的文件，.ges和所有.tmp文件都已经删除了，但是提交任务后orca好像还是没有读取.gbw文件，而是读取orca自己产生的.ges文件。3楼第三个截图展示的就是第二个截图中提交任务后输出的结果。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-4-4 21:21
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-4 21:24 编辑

The_only_oneZLY 发表于 2024-4-4 21:17
非常感谢老师的建议，之前Gaussian计算时采用的赝势确实和orca使用的不一样，上面的任务主要是为了测试or ...

我还有个困惑，我看你在ORCA里用的似乎是DKH2相对论哈密顿+相对论全电子基组，那你在Gaussian里用什么呢？不会是“不仅没用标量相对论哈密顿，又用了赝势”吧？如果真是这样，这跟ORCA计算级别有天壤之别，传轨道压根就是错误的，讨论是否成功读取gbw文件也没有意义。

作者
Author: The_only_oneZLY 时间: 2024-4-4 21:32
之前Gaussian计算中确实没有加DKH2关键词，后面我又加上重新算了一下，关键词如下图：
(, 下载次数 Times of downloads: 17)
Dy采用的也是和orca中一样的基组：
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
C、H采用的也和orca一样了：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
想利用这个传轨道的方法就是因为之前在orca中使用了很多不同的方法和基组算了都不收敛。

作者
Author: The_only_oneZLY 时间: 2024-4-4 21:37
并且在计算完成后利用Multiwfn导出.mkl文件时还出现了报错，说是目前还不支持处理高于h的角动量轨道：
(, 下载次数 Times of downloads: 22)
请问老师这种有什么解决方法吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-4-10 02:42
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-10 03:19 编辑

可使用MOKIT的fch2mkl小程序从Gaussian传轨道给ORCA，fch2mkl最高支持I角动量（即比H角动量高）。我不知道你体系的坐标，这里以单个Dy原子举例，Dy.gjf文件内容为

%mem=180GB
%nprocshared=64
%chk=Dy.chk
#p RHF gen nosymm int(nobasistransform,DKH2)
title
0 1
Dy 0.0 0.0 0.0
（Sapporo-DKH3-QZP-2012基组数据等，太长了，这里不写出来了）

复制代码

高斯算完后获得Dy.chk文件，依次执行

formchk Dy.chk Dy.fch
fch2mkl Dy.fch
orca_2mkl Dy_o -gbw

复制代码

产生Dy_o.inp, Dy_o.mkl, Dy_o.gbw三个文件，其中坐标，方法，基组数据，DKH2哈密顿等关键词全都写好了。提交给ORCA做计算，SCF立即收敛。有几点注意事项：
（1）inp文件里的内存和核数，可以根据自己的需求修改。
（2）gjf文件中应带上nosymm int=nobasistransform关键词进行计算，使传轨道后收敛更快。
（3）gjf文件中若用的是RHF/ROHF/UHF方法，fch2mkl会自动识别并将其写入inp文件，因此无需修改方法。若用的是某一种泛函，fch2mkl无法自动识别，需要自己添加泛函名称和相应的关键词，例子可以看以往的帖子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 285755&fromuid=2632

作者
Author: The_only_oneZLY 时间: 2024-4-13 08:17

zjxitcc 发表于 2024-4-10 02:42
可使用MOKIT的fch2mkl小程序从Gaussian传轨道给ORCA，fch2mkl最高支持I角动量（即比H角动量高）。我不知道 ...

非常感谢老师的分享和指导，根据您说的方法，我先在Gaussian中用如下关键字得到了稳定的轨道，
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
接着用MOKIT转换得到了相应的inp和gbw文件，并采用和Gaussian计算中相同的泛函和DKH2方法。
(, 下载次数 Times of downloads: 18)
在ORCA中计算很快就收敛了。
(, 下载次数 Times of downloads: 18)
另外，我之前在3楼中说的当存在与ORCA计算任务同名的gbw文件时ORCA仍然读取ges文件的问题也找到原因了。原因是当存在与ORCA计算任务同名的gbw文件时，ORCA会自动将gbw文件重命名为ges文件，
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
因此在后面ORCA读取的就是重命名为ges的gbw文件。
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-4-13 10:37

The_only_oneZLY 发表于 2024-4-13 08:17
非常感谢老师的分享和指导，根据您说的方法，我先在Gaussian中用如下关键字得到了稳定的轨道，

接着用 ...

恭喜成功完成了计算。有一点需要说明一下，fch2mkl生成的inp文件里不需要写KDIIS，因为初始轨道已经十分好了。加KDIIS 大概率不如没加时候收敛快。不过既然你已经收敛了，倒也没必要去折腾更快的收敛方式。

作者
Author: The_only_oneZLY 时间: 2024-4-14 08:59

zjxitcc 发表于 2024-4-13 10:37
恭喜成功完成了计算。有一点需要说明一下，fch2mkl生成的inp文件里不需要写KDIIS，因为初始轨道已经十分 ...

噢噢，明白了老师，非常感谢您!

作者
Author: zhaoxiaoni 时间: 2024-8-14 17:27

zjxitcc 发表于 2024-4-4 21:21
我还有个困惑，我看你在ORCA里用的似乎是DKH2相对论哈密顿+相对论全电子基组，那你在Gaussian里用什么呢 ...

老师，您好，我在ORCA中Am元素用的是SARC-DKH-TZVP，我在Gaussian中计算的时候在基组库只找到一个SARC-DKH这个，我不太懂这儿应该怎么用

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-8-14 18:00

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-14 10:27
老师，您好，我在ORCA中Am元素用的是SARC-DKH-TZVP，我在Gaussian中计算的时候在基组库只找到一个SARC-DK ...

如果BSE上面找不到的话，可以在orca里面用%output print[p_basis] 2 end输出基组的定义

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-8-14 21:57
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-8-15 11:15 编辑

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-14 17:27
老师，您好，我在ORCA中Am元素用的是SARC-DKH-TZVP，我在Gaussian中计算的时候在基组库只找到一个SARC-DK ...

对于Am元素，Basis Set Exchange上的SARC-DKH2 就是ORCA程序内置的SARC-DKH-TZVP，可以这么验证：
写一个ORCA输入文件Am.inp

%pal nprocs 1 end
%maxcore 2000
%scf
DryRun True
end
! UHF SARC-DKH-TZVP
*xyz 0 8
Am 0.0 0.0 0.0
*

复制代码

DryRun表示不进行SCF计算，任务几秒结束，这样也会产生Am.gbw文件，那些Amxxx.tmp没用的文件都删掉。依次运行

orca_2mkl Am -mkl
mkl2gjf Am.mkl

复制代码

这会产生Am.gjf文件，内含SARC-DKH-TZVP基组数据，可与Basis Set Exchange上的SARC-DKH2详细对比，发现一致。其他元素可用类似手段验证。orca_2mkl是ORCA内置小程序，mkl2gjf是MOKIT的小程序。此处Am.gjf文件不仅可以用于验证基组数据，也可稍加修改后用于Gaussian的具体计算。

作者
Author: zhaoxiaoni 时间: 2024-8-15 10:58

zjxitcc 发表于 2024-8-14 21:57
对于Am元素，Basis Set Exchange上的SARC-DKH2 就是ORCA程序内置的SARC-DKH-TZVP，可以这么验证：
写一 ...

感谢两位老师。那我在Gaussian中是直接用Basis Set Exchange上的SARC-DKH2还是用您上面提到的修改后的Am.gjf，如果是用Am.gjf，那应该怎么修改就可以用于Gaussian计算。

作者
Author: zhaoxiaoni 时间: 2024-8-15 11:55

zjxitcc 发表于 2024-8-14 21:57
对于Am元素，Basis Set Exchange上的SARC-DKH2 就是ORCA程序内置的SARC-DKH-TZVP，可以这么验证：
写一 ...

老师，我在运行orca_2mkl Am -mkl这条命令的时候提示
Reading the input file Am.gbw    ...

WARNING!!!!!!!
Your GBWFile is either corrupt or from a different ORCA version!
Please be VERY careful with your calculation results!!!

Data_size, sizeof( TOrcaInfo ): 651728, 491312
[file orca_tools/qcmem.cpp, line 870]:  OUT OF MEMORY ERROR!

[file orca_tools/qcmem.cpp, line 870]:  OUT OF MEMORY ERROR!
我用的ORCA版本是ORCA-5.0.3, 看log文件是正常结束任务了的。

作者
Author: snljty2 时间: 2024-8-15 14:46

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 11:55
老师，我在运行orca_2mkl Am -mkl这条命令的时候提示
Reading the input file Am.gbw ...

先确保你计算用的orca和转波函数用的orca_2mkl是来自同一个版本的看看。

作者
Author: zhaoxiaoni 时间: 2024-8-15 16:55

snljty2 发表于 2024-8-15 14:46
先确保你计算用的orca和转波函数用的orca_2mkl是来自同一个版本的看看。

我是直接就在当前计算的文件夹下运行的orca_2mkl这个命令

作者
Author: snljty2 时间: 2024-8-15 16:59

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 16:55
我是直接就在当前计算的文件夹下运行的orca_2mkl这个命令

跟在哪个目录没关系，提交的脚本里面加入

dirname $(\which orca)

复制代码

命令，然后跑orca_2mkl之前看

dirname $(\which orca_2mkl)

复制代码

，看两者是否一致。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-8-15 18:54

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 11:55
老师，我在运行orca_2mkl Am -mkl这条命令的时候提示
Reading the input file Am.gbw ...

这是因为你混用了不同版本的ORCA所致，这与混用不同版本Gaussian类似，都是十分不好的习惯，解决办法在18L已经有人说了。要确保orca_2mkl和orca是同一个版本的，比如都是5.0.3。此贴2L和4L我也给出了详细解答http://bbs.keinsci.com/thread-47632-1-1.html

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-8-15 19:01

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 10:58
感谢两位老师。那我在Gaussian中是直接用Basis Set Exchange上的SARC-DKH2还是用您上面提到的修改后的Am. ...

前一个问题：都可以。
后一个问题：取决于你要做什么计算。产生的Am.gjf文件中写好了UHF的关键词，当然你还可以修改核数和内存等。这里举两个例子
（1）UHF计算，gjf文件前几行示例

%chk=Am.chk
%nprocshared=64
%mem=180GB
#p UHF/gen int(nobasistransform,DKH2) nosymm guess=cards stable=opt
...(剩余内容不动)

复制代码

相当于用ORCA的UHF初猜，使用Gaussian做UHF计算，开启了DKH2哈密顿，并检验波函数稳定性。这个单原子的计算结果是E(UHF) = -30336.1908255 a.u.

（2）UB3LYP计算，gjf文件前几行示例

%chk=Am_GAU.chk
%nprocshared=64
%mem=180GB
#p UB3LYP/gen int(nobasistransform,DKH2) nosymm stable=opt
generated by utility mkl2gjf in MOKIT
0 8
Am 0.00000000 0.00000000 0.00000000
1 0
S 9 1.00
... (基组数据)
(空行)
(空行)

复制代码

删掉底下轨道数据，这里我们做的是UB3LYP计算，用不到UHF初猜。

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