计算化学公社

标题: 请问有什么软件或者方式能够实现快速删除颗粒，并且能够计算所删除颗粒的个数么？ [打印本页]

作者
Author: Lym 时间: 2024-4-5 11:32
标题: 请问有什么软件或者方式能够实现快速删除颗粒，并且能够计算所删除颗粒的个数么？
请问有什么软件或者方式能够实现快速删除颗粒，并且能够计算所删除颗粒的个数么？
例如下图，删除红色框图以外的颗粒，以及删除颗粒形成不规则的形状。

[attach]87554[/attach] (, 下载次数 Times of downloads: 26)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-5 17:32
GaussView就可以，用滑框选择工具画个框，把这些原子选成黄色，点delete键即可
删除之前和删除之后窗口左下角显示的原子数之差就是删的数目

作者
Author: Lym 时间: 2024-4-6 11:12
本帖最后由 Lym 于 2024-4-6 11:14 编辑

sobereva 发表于 2024-4-5 17:32
GaussView就可以，用滑框选择工具画个框，把这些原子选成黄色，点delete键即可
删除之前和删除之后窗口左 ...

不好意思，不知道为什么发了两条相同的回复，请您见谅。
老师，GaussView并不能识别info文件。还有其他的的方法么？
第2-4列可以看作是x,y,x的坐标，前面第一列是序号。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-7 05:18

Lym 发表于 2024-4-6 11:12
不好意思，不知道为什么发了两条相同的回复，请您见谅。
老师，GaussView并不能识别info文件。还有其他的 ...

我不知道你说的info文件是什么东西
自己转成GaussView可以识别的格式
例如写成xyz文件格式
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477
并且下文说了，可以自己给xyz文件注释行添加可以被Multiwfn识别的盒子定义。之后xyz文件载入Multiwfn，主功能100的子功能转成cif，就可以载入GaussView
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: Lym 时间: 2024-4-10 00:52
本帖最后由 Lym 于 2024-4-10 07:19 编辑

sobereva 发表于 2024-4-7 05:18
我不知道你说的info文件是什么东西
自己转成GaussView可以识别的格式
例如写成xyz文件格式

谢谢您的解答，借着这个帖子想向您额外再请教一个问题：我想通过CP2K计算碱土金属Ca2+在DMSO溶液中的配位数。先进行预平衡2ps，平衡后再跑动力学后再进行RDF的计算。当前体系是通过Packmol建立的，总体系电荷我设为2+，自旋多重度设置为0，利用您587博文创建的平衡文件。此时cutoff=750, REL_CUTOFF=70。请问当前的参数选择是否合适呢？
以下是我的eq.inp:

结构文件如下：

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-10 03:27

Lym 发表于 2024-4-10 00:52
谢谢您的解答，借着这个帖子想向您额外再请教一个问题：我想通过CP2K计算碱土金属Ca2+在DMSO溶液中的配位 ...

CP2K再怎么快，DFT跑2800多原子体系的动力学对于一般的计算条件也是天方夜谭，打个两三折还差不多
另外，除非你知道准确的密度并由此建模，否则应当用NPT自发调节密度
当前有没有什么刺儿头元素，cutoff=400, REL_CUTOFF=50足矣，你那设置太慢了

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