大家好,想向大家请教一个问题:
鄙人在做完1 ns的常规动力学后,按照sob老师讲义中轨迹文件的载入步骤(载入md.gro→Load Data into Molecule→选择md.xtc→Load),在VMD中载入上述文件后,将Background改成white,Color Method改成Backbone,Drawing Method改成NewCartoon,但是轨迹动画只显示受体蛋白,无法显示配体小分子(图1)。查看载入的md.gro文件,确定里面有小分子配体的信息。
使用Pymol载入md.gro和md.xtc文件后,却能同时显示受体蛋白和小分子配体的轨迹动画(图2)。
请问如果想在VMD里显示配体,应该怎么操作,特向论坛的各位前辈请教。