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标题: 请问为什么使用VMD载入md.gro和md.xtc文件后,轨迹动画无法显示配体 [打印本页]

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Author:
Soulmate    时间: 2024-4-7 11:28
标题: 请问为什么使用VMD载入md.gro和md.xtc文件后,轨迹动画无法显示配体
本帖最后由 Soulmate 于 2024-4-7 11:31 编辑

大家好,想向大家请教一个问题:
       鄙人在做完1 ns的常规动力学后,按照sob老师讲义中轨迹文件的载入步骤(载入md.gro→Load Data into Molecule→选择md.xtc→Load),在VMD中载入上述文件后,将Background改成white,Color Method改成Backbone,Drawing Method改成NewCartoon,但是轨迹动画只显示受体蛋白,无法显示配体小分子(图1)。查看载入的md.gro文件,确定里面有小分子配体的信息。
      使用Pymol载入md.gro和md.xtc文件后,却能同时显示受体蛋白和小分子配体的轨迹动画(图2)。
      请问如果想在VMD里显示配体,应该怎么操作,特向论坛的各位前辈请教。


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                                     图1


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                                       图2







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KAIMISITERUI    时间: 2024-4-7 12:55
你设置的NewCartoon风格是用来绘制蛋白质的骨架的,当然不会显示配体,你可以你通过VMD选择语句:http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html,选择配体,再选择合适的绘图风格就好了
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Soulmate    时间: 2024-4-7 16:04
KAIMISITERUI 发表于 2024-4-7 12:55
你设置的NewCartoon风格是用来绘制蛋白质的骨架的,当然不会显示配体,你可以你通过VMD选择语句:http://bbs ...

好的,明白,谢谢你




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