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标题: 多肽与膜结合模拟，gro文件与拓扑文件显示原子数量不一致 [打印本页]

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2024-4-7 15:56
标题: 多肽与膜结合模拟，gro文件与拓扑文件显示原子数量不一致

拓扑文件： (, 下载次数 Times of downloads: 2)
gro文件大小原因传不上来只能截图开头和结尾 (, 下载次数 Times of downloads: 19) (, 下载次数 Times of downloads: 19)

如题求问各位老师，我是按照官方教程加上一点修改，利用charmmgui合成的双层脂质膜，前面都没问题，到了溶解和加离子中和这一步就说两个文件不匹配
我输入命令是 gmx solvate -cp fusion-newbox.gro -cs spc216.gro -p fusion3.top -o fusion-solve.gro
gmx grompp -f ions.mdp -c fusion-solve.gro -p fusion3.top -o ions.tpr
出现的warning是这样的，曾经尝试删掉topol里面的SOL 但是删掉了差额水分子也显示不对应不知道什么原因
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-7 16:57
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-4-7 17:02 编辑

按照.top文件最后的[ molecules ]字段，检查.gro文件中对应分子的顺序和个数是否一致。然后检查分子的.itp文件看看每个分子有没有正确定义

[ molecules ]
; Compound       #mols
Protein_chain_X    1
SOL       3539
NA             10
CL             20
……

这里面的SOL、NA、CL是模拟体系中的吗

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2024-4-7 18:55

Seyilaxa 发表于 2024-4-7 16:57
按照.top文件最后的[ molecules ]字段，检查.gro文件中对应分子的顺序和个数是否一致。然后检查分子的.itp ...

是的应该是我先把多肽平衡了一下的部分是不太对吗

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-7 19:23

ppisoncomputer 发表于 2024-4-7 18:55
是的应该是我先把多肽平衡了一下的部分是不太对吗

没有，只是比较奇怪为什么溶剂化和添加了离子后还要再添加离子。
如果你确定这里没问题的话按上面说的检查.gro文件就好

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-4-8 09:59
CHARMM-GUI可以自动溶剂化和添加离子，不需要你手动操作

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2024-4-8 10:15

fhh2626 发表于 2024-4-8 09:59
CHARMM-GUI可以自动溶剂化和添加离子，不需要你手动操作

我这个溶剂化和添加离子是把膜和多肽合成一个体系做的这一步是也不需要吗？

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2024-4-8 10:27

Seyilaxa 发表于 2024-4-7 19:23
没有，只是比较奇怪为什么溶剂化和添加了离子后还要再添加离子。
如果你确定这里没问题的话按上面说的检 ...

感谢大佬！刚刚发现就是前面重复的SOL出问题了！改了之后就好了！

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-4-8 10:45

ppisoncomputer 发表于 2024-4-8 10:15
我这个溶剂化和添加离子是把膜和多肽合成一个体系做的这一步是也不需要吗？

你这个问题把我给问糊涂了，CHARMM-GUI不就是设计出来做这个的吗？

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2024-4-8 14:31

fhh2626 发表于 2024-4-8 10:45
你这个问题把我给问糊涂了，CHARMM-GUI不就是设计出来做这个的吗？

是这样的我是想做穿膜肽穿膜过程的md，多肽不是在膜结构里面的。charmm-gui也可对多肽+膜的体系进行溶剂化和添加离子吗？（确实刚刚入门不太懂）

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-4-8 15:16

ppisoncomputer 发表于 2024-4-8 14:31
是这样的我是想做穿膜肽穿膜过程的md，多肽不是在膜结构里面的。charmm-gui也可对多肽+膜的体系进行溶剂 ...

可以

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2024-4-8 16:50

fhh2626 发表于 2024-4-8 15:16
可以

啊真的呀！谢谢大佬，我去研究一下！

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