计算化学公社

标题: GROMACS可以做自由基的动力学模拟吗？ [打印本页]

作者
Author: zhangs 时间: 2024-4-7 21:37
标题: GROMACS可以做自由基的动力学模拟吗？
本人目前想做一个富勒烯与自由基的分子动力学模拟，不知道GROMACS是否可以实现

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-7 22:35
这听着像量化干的活。。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-7 22:40
如果假定不发生反应，二者只是纯粹的分子间相互作用层面，GROMACS完全可以，用sobtop对二者产生拓扑文件即可
如果是牵扯反应的动力学，应当用CP2K/Gaussian/ORCA等等程序跑AIMD研究

作者
Author: zhangs 时间: 2024-4-7 22:58

sobereva 发表于 2024-4-7 22:40
如果假定不发生反应，二者只是纯粹的分子间相互作用层面，GROMACS完全可以，用sobtop对二者产生拓扑文件即 ...

感谢社长的回答！我还想请教下分子间相互作用层面如何体现出富勒烯对自由基产生的“吸附”作用或者两者之间有作用关系？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-8 02:45

zhangs 发表于 2024-4-7 22:58
感谢社长的回答！我还想请教下分子间相互作用层面如何体现出富勒烯对自由基产生的“吸附”作用或者两者之 ...

色散作用、静电作用、轨道相互作用，都可能可以成为显著的吸附的作用来源

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-4-9 22:28
本帖最后由 wanwan5339 于 2024-4-9 22:46 编辑

sobereva 发表于 2024-4-8 02:45
色散作用、静电作用、轨道相互作用，都可能可以成为显著的吸附的作用来源

sob老师，请问gromacs可以模拟自由基对药物进行作用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-10 03:23

wanwan5339 发表于 2024-4-9 22:28
sob老师，请问gromacs可以模拟自由基对药物进行作用吗？

如果是跟化学键形成/断裂有关的都不能
如果只是弱相互作用层面的可以

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-4-10 13:00

sobereva 发表于 2024-4-10 03:23
如果是跟化学键形成/断裂有关的都不能
如果只是弱相互作用层面的可以

好的，谢谢老师。
我看到有文献用ReaxFF 力场在lammps中模拟羟基自由基对DNA的损伤，请问lampps可以用来模拟自由基与药物之间反应吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-11 01:20

wanwan5339 发表于 2024-4-10 13:00
好的，谢谢老师。
我看到有文献用ReaxFF 力场在lammps中模拟羟基自由基对DNA的损伤，请问lampps可以用来 ...

但凡DFT，甚至半经验级别的方法算得动MD的情况，就不要考虑reaxFF，普适性和精度都差得多

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-4-11 11:14

sobereva 发表于 2024-4-11 01:20
但凡DFT，甚至半经验级别的方法算得动MD的情况，就不要考虑reaxFF，普适性和精度都差得多

好的，谢谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)