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标题: 求助：关于gmx mdrun的-membed功能无法使用的问题 [打印本页]

作者
Author: RandomError 时间: 2024-4-8 09:20
标题: 求助：关于gmx mdrun的-membed功能无法使用的问题
各位老师同学们好：

我在试图使用gmx mdrun的-membed功能将蛋白嵌入膜中，我找到了一篇略老的教程：https://mptg-cbp.github.io/teach ... embranes/index.html

当进行到教程中使用gmx grompp生成.tpr文件时，gmx提示energygrp-excl现已不受支持（使用的gmx2024.1），于是我改为使用conda安装的plumed频道里的gmx2019.6，使用同样的.mdp文件，gmx grompp不再报错，但gmx mdrun报错：

Fatal error: OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are only supported with cut-off scheme Verlet

但是我修改.mdp的cut-off方法后，gmx grompp提示：

ERROR 1 [file g_membed.mdp]: Energy group exclusions are not (yet) implemented for the Verlet scheme

然后我使用了同样方法安装的gmx2018.6，也出现了如上所述的情况。

如果我要继续尝试使用membed功能的话，我是应该自己编译一个更老一点的gmx2018，或者直接到gmx5.x、4.x，还是等待官方更新功能？或者有其他的方法可以绕开这个问题让这个功能跑起来？

希望大家不吝赐教。

（PS：因为想要实现完全离线的操作，所以最开始没有考虑使用CHARMM-GUI）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-9 11:52
Fatal error: OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are only supported with cut-off scheme Verlet
解决这个不用OpenMP并行就完了。诸如-ntomp 1 -nt 8

北京科音分子动力学与GROMACS培训班专门讲了membed的使用，里面的例子实测用gmx 2018.8跑没有任何问题

作者
Author: RandomError 时间: 2024-4-11 14:27

sobereva 发表于 2024-4-9 11:52
Fatal error: OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are only suppor ...

感谢卢老师的回复，我试了下，使用-ntomp 1或者在命令前加上export OMP_NUM_THREADS=1都可以正常运行，感谢~

作者
Author: mr_zyq98 时间: 2024-8-26 13:14
你好，贴主，我最近也尝试用卢老师培训教材中的membed方法尝试插入聚合物，但是报了错，报错如下，烦请您指导，提供些建议！
Fatal error:
Trying to remove more lipid molecules than there are in the membrane

作者
Author: mr_zyq98 时间: 2024-8-26 13:17

sobereva 发表于 2024-4-9 11:52
Fatal error: OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are only suppor ...

卢老师，我也用membed方法做聚合物插入到磷脂中，前面步骤都很顺利，在运行⑩出现了报错“Fatal error:Trying to remove more lipid molecules than there are in the membrane”，烦请您指导

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-27 04:55

mr_zyq98 发表于 2024-8-26 13:17
卢老师，我也用membed方法做聚合物插入到磷脂中，前面步骤都很顺利，在运行⑩出现了报错“Fatal error:Tr ...

“运行⑩”语义不明

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